Bioinformatyka zwiększa wykorzystanie biotechnologii
Finansowany przez UE projekt MICRO B3(odnośnik otworzy się w nowym oknie) (Marine microbial biodiversity, bioinformatics and biotechnology) miał na celu poprawienie możliwości europejskich naukowców integrowania bioinformatyki i danych mikrobiologii morza. Celem było poszerzenie wiedzy w różnych dziedzinach nauk biologicznych, technologii, informatyce i prawie. W ramach interdyscyplinarnego konsorcjum współpracowało 32 partnerów, w tym reprezentanci środowiska naukowego, a także przedstawiciele branży z całej Europy. Konsorcjum składało się z wiodących światowych ekspertów w dziedzinie bioinformatyki, informatyki, biologii, ekologii, oceanografii, biopiractwa i biotechnologii, a także z zakresu prawa. Prace objęły mobilizację szerokiej społeczności badaczy do pobrania próbek z oceanów w czasie trzech światowych Dni pobierania próbek z oceanu OSD(odnośnik otworzy się w nowym oknie). W ramach OSD odbyła się MYOSD(odnośnik otworzy się w nowym oknie), pierwsza naukowa kampania obywatelska, która umożliwiła obywatelom pobranie próbek mikrobiologicznych oceanu na całym świecie. Partnerzy projektu zastosowali również dostępne obecnie techniki sekwencjonowania, aby skutecznie wykorzystać wielkoskalowe dane sekwencyjne w kontekście środowiskowym. Dane wykorzystano do opracowania zintegrowanej wiedzy na temat biologii i modelowania ekosystemów morskich. Opracowano i przetestowano kilka narzędzi bioinformatycznych. Obejmowały one system baz danych 3DM, który wykorzystywał dedykowane workflowy do przewidywań obliczeniowych selektywności podłoża enzymów. Nowatorskie narzędzie korzystało z sieci co-occurrence, aby określić hipotetyczne funkcje nieznanych genów odkrytych w mikroorganizmach morskich. Narzędzie to w połączeniu z ultraszybkim biosyntetycznym rekruterem klastrów genowych wykorzystano do wygenerowania biotechnologicznych właściwych docelowych enzymów z metagenomów. Konsorcjum opracowało również umowy dotyczące własności intelektualnej w celu ochrony i zrównoważonego wykorzystania przedkonkurencyjnych zasobów danych genetycznych mikroorganizmów oraz ich użycia w zastosowaniach komercyjnych o wysokim potencjale. W ramach projektu przeprowadzono działania edukacyjne i szkoleniowe, a także OSD/MyOSD, aby rozpowszechnić wyniki projektu i uzyskać cenne informacje zwrotne od użytkowników. MICRO B3 przyczynił się do przezwyciężenia obecnych trudności w dziedzinie badań bioróżnorodności morskiej i biotechnologii morskiej, umożliwiając naukowcom i twórcom biotechnologii połączenie sił z ekspertami działającymi w obszarze prawa i komunikacji oraz nawiązanie współpracy pozwalającej na maksymalizację wyników.
