L'analyse de séquence évolutive au service de la biologie moléculaire
La recherche en biologie moléculaire dépend dans une large mesure de l'alignement de séquences d'ADN, d'ARN ou de protéines, pour mettre en évidence des similitudes et des relations biologiques. Cependant, cette méthode n'est pas assez souple pour éclaircir les questions d'évolution en biologie moléculaire, il faut donc trouver des solutions plus perfectionnées. Les chercheurs du projet AMESA(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) (Advanced methods for evolutionary sequence analysis), financé par l'UE, ont étudié l'alignement de séquences évolutives afin d'améliorer les analyses comparatives. Ils ont cherché à définir de nouvelles méthodes capables de soutenir, par exemple, la recherche en médecine et en agriculture. Ils ont notamment visé des difficultés comme la taille toujours croissante des ensembles de données ainsi que les particularités des données résultant de la nouvelle génération de systèmes de séquençage. Après d'intenses activités de recherche et de développement, les chercheurs ont réalisé deux outils capables de soutenir et de faire progresser l'analyse de séquences évolutives. Le premier, PAGAN, est un algorithme et un programme d'alignement de nombreuses séquences pour aligner de novo en fonction de la phylogénie et pour l'extension d'alignement. Il représente la base des travaux du projet. Il a remplacé la méthode antérieure PRANK, devenant ainsi l'approche principale dans ce domaine. Le second outil, Wasabi, est un environnement graphique idéal pour l'analyse de séquence évolutive et le partage de données. Cette interface commode, pratique et dans le Cloud travaille avec PAGAN et d'autres méthodes d'analyse pour faciliter le partage de données et l'analyse de séquences. Son puissant système de visualisation des données est disponible sur n'importe quel appareil accédant à Internet. Wasabi génère des résultats reproductibles et s'associe aisément avec des outils d'analyse complémentaires. Les chercheurs ont prévu des développements et des améliorations pour les deux produits, au-delà de la fin du projet, promettant ainsi des outils encore plus affinés et puissants pour soutenir la recherche en biologie moléculaire. Les travaux et les outils d'AMESA devraient bénéficier à l'agriculture, la médecine, la biodiversité et à d'autres domaines.
Mots‑clés
Analyse de séquence évolutive, alignement de séquence évolutive, AMESA, séquençage de nouvelle génération, extension d'alignement
