Au menu du petit déjeuner: jambon cru ou bacon?
Grâce aux analyses génomiques, des progrès importants ont été accomplis en ce qui concerne la détermination de la variabilité des génomes dans les principales espèces destinées à l’élevage. Cependant, faire le lien entre le génome et son phénotype en matière de qualité et type de viande reste difficile pour le producteur. Les progrès dans les technologies en «-omique» offrent les outils nécessaires pour déterminer exhaustivement le phénotype chez des ensembles d’individus de plus en plus vastes. Le projet MARKTHEPIG (Applied phenomics to identify biomarkers in pigs for new concepts in precision livestock farming), soutenu par le programme de bourses individuelles Marie Skłodowska-Curie de l’UE, a appliqué le nouveau domaine émergent de la phénomique pour fusionner l’importante quantité de données issues des technologies en «-omique». La phénomique est une transdiscipline émergente qui étudie systématiquement les manifestations phénotypiques dispersées dans tout le génome au niveau de la cellule et de l’organisme. MARKTHEPIG travaille sur des porcs hautement phénotypés Comme l’explique le professeur Luca Fontanesi, coordinateur du projet MARKTHEPIG: «L’objectif du projet actuel était de tirer profit des connaissances obtenues par l’Université de Bologne sur des porcs hautement phénotypés afin de mieux comprendre les facteurs, génétiques et non génétiques, qui contribuent à l’apparition de la variabilité des animaux.» Ces facteurs ont d’importantes répercussions sur la conception des stratégies d’élevage et de sélection pour cette espèce. Le projet MARKTHEPIC a utilisé la protéomique fondée sur la spectrométrie de masse pour identifier de nouveaux biomarqueurs qui pourraient décrire les phénotypes moléculaires ou internes afin de prédire, au niveau génétique, les performances des animaux en matière de production. En outre, les résultats du projet ont ouvert la voie à de nouvelles possibilités pour utiliser la phénomique afin de mieux caractériser le porc comme modèle animal. La base moléculaire du jambon cru Au cœur du métabolisme d’un animal se trouve son foie. Pour la première fois, le projet MARKTHEPIG a décrit les différences moléculaires entre deux importantes races de porc en ce qui concerne le foie et son profil protéique. «Un total d’environ 500 points protéomiques ont été capturés et identifiés, dont 25 ont entraîné une expression différentielle dans les foies des porcs appartenant à deux des principales races à viande utilisées pour préparer le jambon cru», signale le professeur Fontanesi. Quant à la composition du jambon et du bacon, l’équipe a détecté des différences dans le profil protéomique du foie qui pourraient expliquer, indirectement, les différences au niveau des tissus musculaires. Les résultats du travail du projet viennent d’être publiés dans la revue scientifique à comité de lecture PLOS ONE. Des défis et des solutions pour avancer dans le domaine de la protéomique Afin d’atteindre les objectifs du projet, MARKTHEPIG a mené des analyses protéomiques avancées qui ne pouvaient s’effectuer dans le laboratoire local. En guise de solution, des laboratoires alternatifs de l’Université de Bologne ont fourni l’expertise nécessaire en protéomique. Après la fin du projet, le laboratoire d’accueil entend continuer à exploiter les phénotypes moléculaires chez les porcs. L’objectif consiste à décrire plus en détail la variabilité génétique entre races et au sein d’une même race. «Le répertoire biologique que nous avons recueilli au cours de ces années constituera une ressource importante pour les prochaines études fondées sur des technologies de phénotypage moléculaire à haut débit», remarque le professeur Fontanesi. Il reconnaît que la bourse individuelle Marie Curie a permis la formation d’une population de référence de porcs plus vaste, grâce à l’ajout d’autres phénotypes moléculaires à une population d’animaux déjà génotypée et phénotypée avec de nombreux biomarqueurs supplémentaires. «Cette ressource deviendra une sorte de population de référence pour nombre d’autres études avec un impact élevé dans le secteur de la sélection et de l’élevage de porcs et dans la biologie fondamentale», conclut-il.
Mots‑clés
MARKTHEPIG, porc, phénotype, foie, jambon cru, phénomique, biomarqueur
