Prosciutto crudo o pancetta nel menù di stamattina?
Grazie all’analisi genomica, sono stati fatti notevoli progressi nel determinare la variabilità dei genomi in tutte le principali specie di bestiame. Permane tuttavia difficile il collegamento del genoma con il suo fenotipo in termini di qualità e tipo di carne per il produttore. I progressi nelle tecnologie «omiche» stanno fornendo gli strumenti necessari per fenotipizzare ampiamente quantità sempre maggiori di individui. Il progetto MARKTHEPIG (Applied phenomics to identify biomarkers in pigs for new concepts in precision livestock farming), sovvenzionato da una borsa di studio individuale Marie Skłodowska-Curie, ha applicato l’area emergente della fenomica per unire la significativa quantità di dati provenienti dalle tecnologie omiche. La fenomica è una trans-disciplina emergente che studia in modo sistematico le manifestazioni fenotipiche dell’intero genoma a livello cellulare e di organismo. MARKTHEPIG lavora su maiali altamente fenotipizzati Come spiega il prof. Luca Fontanesi, coordinatore del progetto MARKTHEPIG: «L’obiettivo del progetto attuale era quello di sfruttare le conoscenze ottenute dall’Università di Bologna in suini altamente fenotipizzati per comprendere meglio i fattori, genetici e non genetici, che contribuiscono alla variabilità produttiva degli animali». Questi fattori hanno importanti conseguenze nella progettazione delle strategie di selezione e di allevamento per questa specie. MARKTHEPIG ha utilizzato la proteomica basata sulla spettrometria di massa per identificare nuovi biomarcatori che potrebbero descrivere fenotipi interni o molecolari per prevedere le prestazioni di produzione degli animali a livello genetico. Inoltre, i risultati del progetto hanno aperto nuove possibilità per l’uso della fenomica per caratterizzare meglio il suino come modello animale. La base molecolare del prosciutto crudo Il cuore del metabolismo di un animale è il suo fegato. Per la prima volta MARKTHEPIG ha descritto le differenze molecolari tra due importanti razze suine in termini di fegato e suo profilo proteico. «È stato acquisito e identificato un totale di circa 500 spot proteomici. Di questi, 25 hanno prodotto un’espressione differenziale nei fegati dei suini appartenenti a due delle principali razze pesanti di suino utilizzate per la preparazione del prosciutto crudo», sottolinea il prof. Fontanesi. In termini di cosa produce prosciutto o pancetta, il team ha rilevato differenze nel profilo proteomico epatico che potrebbero spiegare, indirettamente, differenze a livello di tessuto muscolare. I risultati del lavoro del progetto sono appena stati pubblicati nella rivista sottoposta a revisione paritaria PLOS ONE. Sfide e soluzioni per i progressi in proteomica Per raggiungere gli obiettivi del progetto, MARKTHEPIG ha condotto analisi avanzate di proteomica che il laboratorio locale non era in grado di supportare. Come soluzione, laboratori alternativi presso l’Università di Bologna hanno fornito le competenze necessarie in campo proteomico. Dopo la conclusione del progetto, il laboratorio ospite intende continuare a sfruttare ulteriormente i fenotipi molecolari nei suini. L’obiettivo è quello di descrivere ulteriormente la variabilità genetica all’interno di una stessa razza e tra razze diverse. «L’archivio biologico che abbiamo raccolto durante questi anni rappresenterà un’importante risorsa per studi futuri basati su tecnologie di fenotipizzazione molecolare ad alto rendimento», osserva il prof. Fontanesi. Il prof. Fontanesi riconosce che la borsa di studio individuale Marie Curie ha consentito la formazione di una più ampia popolazione di riferimento di suini aggiungendo altri fenotipi molecolari a una popolazione di suini già genotipizzati e fenotipizzati con molti biomarcatori aggiuntivi. «Questa risorsa diventerà una sorta di popolazione di riferimento per molti altri studi con un potenziale elevato impatto nel settore dell’allevamento e della selezione dei maiali e nella biologia di base», conclude.
Parole chiave
MARKTHEPIG, maiale, fenotipo, fegato, prosciutto crudo, fenomica, biomarcatore
