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Applied phenomics to identify biomarkers in pigs for new concepts in precision livestock farming

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¿Jamón curado en el menú de esta mañana o mejor beicon?

Una investigación de la Unión Europea (UE) ha estudiado los perfiles proteicos de cerdos concretos, de forma que el productor será capaz de determinar el corte de carne a partir de la genética del cerdo.

Alimentos y recursos naturales

Con el análisis genómico, se ha avanzado mucho a la hora de determinar la variabilidad de los genomas de todas las principales especies de ganado. Sin embargo, vincular el genoma con su fenotipo en lo que respecta a la calidad y el tipo de carne para el productor sigue siendo difícil. Los avances en las tecnologías «ómicas» están proporcionando las herramientas necesarias para determinar ampliamente el fenotipo de conjuntos cada vez mayores de individuos. El proyecto MARKTHEPIG (Applied phenomics to identify biomarkers in pigs for new concepts in precision livestock farming), que cuenta con la ayuda de las becas individuales Marie Skłodowska-Curie de la UE, ha aplicado el ámbito de reciente aparición de la fenómica para combinar una cantidad importante de datos de las tecnologías ómicas. La fenómica es una transdisciplina emergente que estudia de forma sistemática las manifestaciones fenómicas de todo el genoma a escala celular y de organismos. MARKTHEPIG trabaja con cerdos muy fenotipados Tal y como explica el profesor Luca Fontanesi, coordinador del proyecto MARKTHEPIG: «El objetivo del proyecto actual fue aprovechar los conocimientos adquiridos por la Universidad de Bolonia en cerdos muy fenotipados para comprender mejor los factores, tanto genéticos como no genéticos, que contribuyen a la variabilidad de la producción de los animales». Estos factores tienen unas consecuencias importantes a la hora de diseñar las estrategias de selección y reproducción de estas especies. MARKTHEPIG utilizó la proteómica basada en espectrometrías de masas para identificar nuevos biomarcadores que pudieran describir fenotipos internos o moleculares con el fin de predecir el rendimiento de la producción de los animales a escala genética. Además, los resultados del proyecto brindaron nuevas posibilidades para el uso de la fenómica con el fin de caracterizar mejor el cerdo como animal modelo. La base molecular del jamón curado El hígado es el elemento central del metabolismo de un animal. MARKTHEPIG describió por primera vez las diferencias moleculares entre dos razas importantes de cerdos en lo que respecta al hígado y su perfil proteico. «Se captaron e identificaron un total de unos quinientos puntos proteómicos. De estos, veinticinco dieron lugar a una expresión diferencial en los hígados de los cerdos que pertenecían a dos razas principales utilizadas para preparar el jamón curado», destaca el profesor Fontanesi. En términos de lo que produce el jamón o el beicon, el equipo detectó diferencias en el perfil proteómico hepático que podrían explicar de forma indirecta las diferencias en el tejido muscular. Los resultados del trabajo del proyecto acaban de publicarse en la revista arbitrada «PLOS ONE». Retos y soluciones para los avances de la proteómica Para lograr los objetivos del proyecto, MARKTHEPIG llevó a cabo análisis proteómicos avanzados que el laboratorio local no podía realizar. Como solución, unos laboratorios alternativos de la Universidad de Bolonia aportaron los conocimientos especializados necesarios en proteómica. Tras finalizar el proyecto, el laboratorio anfitrión quiere seguir explotando los fenotipos moleculares en los cerdos. El objetivo es describir mejor la variabilidad genética dentro de una misma raza y entre diferentes razas. «El repositorio de datos biológicos que hemos recopilado durante estos años constituirá un recurso importante para futuros estudios basados en las tecnologías de fenotipado molecular de alto rendimiento», destaca el profesor Fontanesi. El profesor Fontanesi reconoce que la beca de investigación individual Marie Curie ha permitido crear una mayor población de cerdos de referencia incorporando otros fenotipos moleculares a una población de cerdos que ya se había genotipado y fenotipado con muchos biomarcadores adicionales. «Este recurso se convertirá en una especie de población de referencia para muchos otros estudios con una posible gran repercusión para la cría porcina y el sector de selección, así como en la biología básica», concluye.

Palabras clave

MARKTHEPIG, cerdo, fenotipo, hígado, jamón curado, fenómica, biomarcador

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