Des chercheurs européens percent le mystère du génome de C. difficile
Des scientifiques originaires d'Allemagne, de France, d'Italie, des Pays-Bas, de Slovénie et du Royaume-Uni collaborent dans le but de percer le mystère du code génétique de Clostridium difficile, un type de bactérie potentiellement mortel principalement responsable des infections nosocomiales. Le projet HYPERDIFF (The physiological basis of hypervirulence in clostridium difficile: a prerequisite for effective infection control), résultat d'un effort visant à maîtriser l'expansion de bactéries hautement virulentes multirésistantes aux médicaments, a été financé à hauteur d'approximativement 3 millions d'euros au titre du septième programme-cadre (7e PC). Clostridium difficile (dont le nom signifie littéralement «fuseau difficile») est un bacille anaérobie fusiforme capable de se développer dans n'importe quel milieu (mais que l'on retrouve surtout dans le sol) et qui se développe rapidement dans le corps humain. Dans des conditions de stress, C. difficile produit des spores qui tolèrent les conditions extrêmes, notamment la chaleur extrême et les milieux acides (bien qu'elles ne supportent pas l'eau de Javel). Ces bactéries s'adaptent parfaitement aux milieux hospitaliers; une fois ingérées, elles atteignent l'estomac sans encombre et colonisent l'intestin. En petites quantités, elles ne déclenchent pas la maladie. Toutefois, ces bactéries se développent très facilement dans les hôpitaux et maisons de retraite, où les patients sont souvent soumis à des traitements antibiotiques ou des chimiothérapies qui réduisent significativement leur flore intestinale. Cela permet l'explosion rapide de la population de C. difficile, favorise leur mutation et conduit ainsi au déclenchement de l'infection. La colite pseudo-membraneuse (CPM) pose notamment un risque important pour les patients vulnérables. Les souches pathogéniques de C. difficile produisent des toxines (entérotoxines et cytotoxines), qui provoquent des diarrhées importantes ainsi que des inflammations. Le traitement antibiotique est problématique en raison de la robustesse de la bactérie et de sa résistance accrue aux antibiotiques. Le comportement exact de la bactérie ou même les raisons expliquant la virulence extrême de certaines souches par rapport à d'autres sont encore inconnus. L'équipe HYPERDIFF, dirigée par le professeur Nigel Minton de l'université de Nottingham au Royaume-Uni, a recours à une technologie de séquençage pour tenter de déterminer le rôle des gènes spécifiques recueillis sur des souches de la bactérie hautement virulentes. Ils espèrent découvrir des indices sur la pathologie et la résistance aux antibiotiques afin d'apprendre comment éradiquer l'infection causée par la bactérie. Les partenaires du projet espèrent que leurs résultats conduiront à un meilleur diagnostic, ainsi qu'à des traitements plus efficaces et éventuellement à un vaccin. «Cette étude a été réalisée dans le but d'analyser et d'examiner les génomes des souches hypervirulentes, ainsi que pour identifier les différences par rapport aux souches normales», explique le professeur Minton. «De cette manière, nous aurons une idée plus claire de la grande variété de facteurs impliqués dans l'expansion de l'infection et de la façon dont elle cause la maladie.» L'étude, d'une durée de trois ans, aura recours à l'application de ClosTron, un «système de séquençage génétique universel pour les bactéries Clostridium» développé par des chercheurs de l'université de Nottingham en 2007. ClosTron permettra de produire des versions mutantes de souches hypervirulentes que l'on retrouve de plus en plus dans les environnements hospitaliers européens. Les chercheurs décomposeront les gènes de la bactérie l'un après l'autre, et compareront les versions mutantes aux versions standards afin de déterminer la fonction spécifique de chaque gène. Ces dernières années, C. difficile a constitué la cause première des infections nosocomiales; par ailleurs, son incidence et le taux de mortalité sont en nette augmentation. Cela peut être dû à l'amélioration des rapports, aux normes d'hygiène médiocres (la transmission se fait par contact) ou simplement au fait que la population d'un certain âge est plus vulnérable. Néanmoins, l'émergence de nouvelles souches hypervirulentes en Europe, dont le ribotype 027, pourrait également être un facteur important. Selon le professeur Minton, «ces organismes hypervirulents deviennent les souches dominantes lors du déclenchement de l'infection et, facteur inquiétant, il n'existe actuellement que deux antibiotiques encore efficaces pour lutter contre ces derniers. Il se peut que la bactérie atteigne un stade de résistance totale, et si cela se produit, nous ferons face à un problème extrêmement sérieux.» Il reste à espérer que les études ClosTron permettront d'acquérir les connaissances nécessaires en vue d'améliorer le diagnostic et de mieux maîtriser l'infection. En outre, les chercheurs d'HYPERDIFF tenteront également de déterminer si les animaux domestiques constituent également des porteurs potentiels de la bactérie.
Pays
Allemagne, France, Pays-Bas, Slovénie, Royaume-Uni