Europejscy naukowcy stawiają czoło genomowi C. difficile
Naukowcy z Niemiec, Francji, Włoch, Holandii, Słowenii i Wlk. Brytanii pracują wspólnie nad rozwikłaniem kodu genetycznego Clostridium difficile, potencjalnie śmiertelnego typu bakterii, powszechnie przynoszonych ze szpitali. Projekt HYPERDIFF (Fizjologiczne podstawy wyjątkowej zjadliwości clostridium difficile: warunek wstępny skutecznej kontroli zakażeń), który jest częścią wysiłków podejmowanych na rzecz kontroli rozprzestrzeniania się wielolekowo odpornych bakterii o wysokiej zjadliwości, został sfinansowany na około 3 mln EUR z Siódmego Programu Ramowego UE (7PR). Clostridium difficile (tłumacząc dosłownie "trudna laseczka beztlenowa") to beztlenowe, wrzecionowate i powszechnie występujące (zwłaszcza w glebie) bakterie, które dobrze rozwijają się w organizmie człowieka. W warunkach stresu, C. difficile wytwarza przetrwalniki, które dobrze tolerują ekstremalne warunki, w tym bardzo wysokie temperatury i zakwaszenie (chociaż nie lubią wybielaczy). Czują się jak w domu na szpitalnych powierzchniach, a po połknięciu, przedostają się przez żołądek do jelita, aby je skolonizować. Jeżeli jest ich niewiele, zwykle nie wywołują choroby. Jednakże w szpitalach i domach spokojnej starości bakterie rozwijają się w dużych ilościach i pensjonariusze często muszą być poddawani leczeniu antybiotykowemu lub chemioterapii, które radykalnie wyniszczają normalną florę jelita. To prowadzi do szybkiej eksplozji populacji C. difficile, mutacji i zakażenia. Zapalenie okrężnicy rzekomobłoniaste (PMC) stanowi największe zagrożenie dla podatnych pacjentów, a wiadomo, że chorobotwórcze C. difficile wytwarzają toksyny (enterotoksyny i cytotoksyny), które powodują ciężką biegunkę i zapalenie. Terapia antybiotykowa jest problematyczna ze względu na odporność bakterii i jej wzrastającą oporność na antybiotyki. Na dzień dzisiejszy nie znamy ani dokładnego zachowania się bakterii, ani powodów dla których niektóre szczepy są bardziej zjadliwe od innych. Zespół HYPERDIFF, pod kierownictwem profesora Nigela Mintona z Uniwersytetu w Nottingham, w Wlk. Brytanii, wykorzystuje technologię wyłączania poszczególnych genów, aby określić ich rolę w szczepach bakterii o wysokiej zjadliwości. Naukowcy mają nadzieję odkryć wskazówki dotyczące patologii i oporności na antybiotyki, aby móc zwalczać zakażenia C. difficile. Partnerzy projektu są przekonani, że ich odkrycia przyczynią się do lepszego diagnozowania, skuteczniejszego leczenia i być może szczepionki. "Badania polegają na sprawdzeniu genomów szczepów o wyjątkowo wysokiej zjadliwości i rozpoznaniu różnic w stosunku to tzw. standardowych szczepów" - wyjaśnił profesor Minton. "W ten sposób powinniśmy zyskać wyraźniejszy obraz całego szeregu czynników, biorących udział w rozprzestrzenianiu się bakterii i sposobu, w jaki wywołuje ona chorobę." Trzyletnie badania skoncentrują się na zastosowaniu technologii ClosTron, "wszechstronny system wyłączania genu Clostridium", która została opracowana przez naukowców z Uniwersytetu w Nottingham w 2007 r. Technologia ClosTron zostanie wykorzystana do wytworzenia zmutowanych wersji szczepów o wyjątkowo wysokiej zjadliwości, które są coraz powszechniejsze w placówkach szpitalnych w Europie. Naukowcy dosłownie będą wyłączać jeden po drugim geny bakterii i porównywać wersje zmutowane z organizmami standardowymi, aby ocenić konkretną funkcję każdego genu. Przez ostatnie kilka lat, bakterie C. difficile były najczęstszą przyczyną zakażeń szpitalnych, na które zarówno zapadalność jak i umieralność rośnie. To może być związane z lepszym raportowaniem, niskim poziomem higieny (zakażenie jest często przekazywane na rękach) lub po prostu z faktem, że populacja się starzeje i staje się przez to bardziej podatna. Jednakże pojawienie się nowych, wyjątkowo zjadliwych szczepów w Europie, w tym ribotype 027, może być ważnym czynnikiem. Według profesora Mintona, "wyjątkowo zjadliwe organizmy wydają się zajmować dominującą pozycję w ogniskach choroby, a co najgorsze, istnieją tylko dwa, wciąż skuteczne antybiotyki. Istnieje bardzo realne zagrożenie pojawienia się całkowitej oporności, a jeżeli się tak stanie, będzie to wyjątkowo poważny problem". Badania ClosTron mają pogłębić wiedzę niezbędną do udoskonalenia testów diagnostycznych i lepszej kontroli zakażeń. Ponadto naukowcy z HYPERDIFF sprawdzą, czy zwierzęta domowe i udomowione nie są nosicielami bakterii.
Kraje
Niemcy, Francja, Niderlandy, Słowenia, Zjednoczone Królestwo