Des acteurs des mondes universitaire et industriel s'accordent sur une nouvelle norme de molécule bioactive
Des représentants de sociétés pharmaceutiques, des fournisseurs de données et des groupes universitaires se sont mis d'accord sur une nouvelle norme pour décrire l'effet d'un composé d'une entité biologique, détaillée dans une nouvelle étude publiée dans la revue scientifique Nature Review Drug Discovery. Bien que les groupes pharmaceutiques, biotechnologiques et universitaires génèrent une énorme quantité de données portant sur les propriétés de molécules telles que les médicaments, pesticides et compléments alimentaires, ces données utiles ne sont pas toujours publiées, entraînant ainsi une réplication d'informations et un gaspillage de temps et de ressources. À l'heure actuelle, on manque cruellement de données essentielles en matière de documentation publiée, ou elles sont présentées dans un format non structuré. Ainsi est née la norme MIABE (Minimum Information About a Bioactive Entity), considérée comme la solution à ce problème par un consortium international d'acteurs de l'industrie (sociétés pharmaceutiques et fournisseurs de données biologiques et commerciales à but non lucratif) et du monde universitaire, mené par le Laboratoire européen de biologie moléculaire (LEBM) - Institut européen de bioinformatique (EBI) au Royaume-Uni. Cette nouvelle norme est la définition effective de présentations de lignes directrices pour les entités bioactives et son avènement signifie que les flux d'informations sur les petites molécules seront accessibles au domaine public. Dans le monde de la chimie, cela se traduira en développements importants dans la découverte de médicaments. L'équipe espère que la nouvelle norme renforcera l'échange de données publiques sur le succès et l'attrition de la découverte de médicaments. Les recherches sur la norme ont également reçu un financement de la part de l'UE de 1 476 384 euros au titre du projet PSIMEx («Proteomics Standards Initiative and International Molecular Exchange») au titre du domaine thématique Santé du septième programme-cadre (7e PC). Le projet PSIMEx, qui se clôturera en 2013, soutient plusieurs projets contribuant à l'objectif de rendre les données d'interaction moléculaire accessibles sur support informatique. Les partenaires du projet sont originaires de Chine, de France, d'Allemagne, d'Italie, d'Espagne, de Suède, de Suisse, du Royaume-Uni et des États-Unis; ils espèrent développer davantage la norme actuelle sur les interactions moléculaires développée par l'initiative HUPO Proteomics Standards, une norme développée en 2002 qui définit les normes communautaires pour la représentation en protéomique afin de faciliter la comparaison, l'échange et la vérification de données. Le projet PSIMEx vise également à promouvoir le développement de la chaîne entière de la programmation d'expériences par le formatage et l'analyse de données à la représentation de données dans les publications de revues et bases de données. Ainsi, il convient d'organiser la formation des utilisateurs sur les critères minimums pour la publication de données d'interactions moléculaires ainsi que la formation et l'échange pour le personnel travaillant sur les bases de données participantes. Les architectes de la norme MIABE expliquent qu'afin d'analyser toutes les données collectées de manière appropriée, il est indispensable de pouvoir les comparer. Une meilleure compréhension du fonctionnement des médicaments efficaces peut être obtenue en rassemblant des données issues de plusieurs programmes de découvertes médicamenteuses, comme l'explique le Dr John Overington, du LEBM-EBI; «Nous espérons que MIABE permettra d'augmenter considérablement la quantité de données disponibles à l'analyse. L'expérience avec les autres normes a montré qu'à mesure qu'elles sont adoptées par les parties prenantes, la quantité de données utilisables accessibles aux chercheurs grandit en conséquence.» Le développement de cette nouvelle norme comporte également des implications économiques. «La disponibilité accrue de données normalisées aidera les entreprises à simplifier leurs processus décisionnels», commente un autre auteur de l'étude, le Dr Dominic Clark, du LEBM-EBI. «L'industrie s'appuie beaucoup plus sur les données du domaine public. Ainsi, un ensemble de principes et de normes permettra de simplifier l'intégration de données et de contrôler les coûts.» Mais importer des données dans le domaine public ne se limite pas à connaître ces entités biologiques «fructueuses». L'identification et le développement de molécules dotées de propriétés bioactives utiles, telles que les agents pharmaceutiques, les pesticides et les compléments alimentaire, sont relativement complexes, et seuls quelques nouveaux médicaments étudiés passeront l'étape de l'utilisation clinique. Cependant, les scientifiques ont besoin de connaître les molécules qui ne passent pas cette étape et d'en connaître les raisons. Quelques molécules n'arrivent pas sur le marché en raison d'un manque d'efficacité ou d'effets secondaires inattendus et de leur toxicité, par exemple. Les pesticides ont des effets négatifs pour d'autres organismes en plus de leurs cibles originelles et les compléments alimentaires, tels que les stérols végétaux, sont souvent soumis à des règlementations strictes et ainsi interdites. Un exemple récent démontrant les effets positifs de disposer de donnés sur les composants bioactifs a été la publication de données par les sociétés pharmaceutiques GlaxoSmithKline et Novartis, ainsi que par le St Jude Children's Research Hospital, aux États-Unis, sur plus de 14 000 composants connus pour leur action contre le parasite responsable de la transmission du paludisme. Ces données sont désormais disponibles dans la base de données ChEMBL, laquelle répertorie les petites molécules bioactives ayant été développée avec le soutien du 7e PC et de l'initiative des médicaments innovants (IMI) de l'UE. Des données de cette banque ont été utilisées dans un dépistage chimio-génomique qui a identifié les médicaments actifs contre les protéines Schistosoma mansoni. Ainsi, un espoir est né; des traitements connus pourraient combattre la maladie tropicale négligée, la schistosomiase, qui affecte actuellement 210 millions de personnes dans 76 pays du monde entier. Avec le développement de la norme MIABE, les chimistes espèrent que les dénouements fructueux comme cette histoire seront plus fréquents.Pour de plus amples informations, consulter: Laboratoire européen de biologie moléculaire-Institut européen de bioinformatique (EMBL-EBI): http://www.ebi.ac.uk/
Pays
Canada, Suisse, Suède, Royaume-Uni, États-Unis