Esponenti del mondo industriale e accademico della chimica accettano nuovo standard per le molecole bioattive Rappresentanti di aziende farmaceutiche, fornitori di risorse di dati e gruppi accademici hanno raggiunto un accordo su uno standard per descrivere l'effetto di un determinato composto su un'entità biologica, illustrato in un nuovo studio pubblicato nella rivista Nature Review... Rappresentanti di aziende farmaceutiche, fornitori di risorse di dati e gruppi accademici hanno raggiunto un accordo su uno standard per descrivere l'effetto di un determinato composto su un'entità biologica, illustrato in un nuovo studio pubblicato nella rivista Nature Review Drug Discovery. Anche se i gruppi farmaceutici, biotecnologici e accademici producono un'enorme mole di dati sulle proprietà biologiche di molecole quali farmaci, pesticidi e additivi alimentari, spesso questi dati non vengono organizzati, con la conseguente ripetizione inutile e spreco di tempo e risorse. Attualmente i dati cruciali spesso mancano nella letteratura pubblicata o sono menzionati in forma non strutturata. È qui che entra in gioco MIABE (Minimum Information About a Bioactive Entity), la soluzione a questo problema proposta da un consorzio internazionale di attori del mondo industriale, attraverso le società farmaceutiche e i fornitori di dati biologici senza scopo di lucro e commerciali, e del mondo accademico, guidati dal Laboratorio europeo di biologia molecolare (EMBL) - Istituto europeo di bioinformatica (EBI) nel Regno Unito. Questo nuovo standard è in effetti la definizione di linee guida per la segnalazione delle entità bioattive e significa che si aprono le porte a un flusso di informazioni riguardanti le piccole molecole che saranno di pubblico dominio. Per il mondo della chimica, si spera che questo a sua volta produrrà importanti sviluppi nella scoperta di nuovi farmaci. Il team spera che il nuovo standard permetterà di migliorare lo scambio di dati pubblici in caso di successo o insuccesso nella scoperta di farmaci. La ricerca sullo standard ha anche ricevuto una spinta dai finanziamenti dell'UE, per la somma di 1.476.384 euro, attraverso il progetto PSIMEx ("Proteomics Standards Initiative and International Molecular Exchange"), nell'ambito dell'area tematica "Salute" del Settimo programma quadro (7° PQ). Il progetto PSIMEx, che durerà fino al 2013, sostiene progetti diversi che contribuiscono all'obiettivo generale di rendere i dati di interazione molecolare accessibile attraverso il computer. I partner del progetto, provenienti da Cina, Francia, Germania, Italia, Spagna, Svezia, Svizzera, Regno Unito e Stati Uniti, hanno in programma di sviluppare ulteriormente lo standard per le interazioni molecolari esistente, sviluppato dall'iniziativa per gli standard proteomici HUPO. Si tratta di uno standard sviluppato nel 2002 che definisce norme comunitarie per la rappresentazione dei dati in proteomica per facilitare il confronto, lo scambio e la verifica dei dati. Il progetto PSIMEx mira inoltre a promuovere l'attuazione dello standard nell'intera filiera dalla progettazione degli esperimenti, attraverso la formattazione e l'analisi dei dati, alla rappresentanzione dei dati nelle riviste e nelle banche dati pubbliche. Ciò coinvolge l'organizzazione della formazione degli utenti sui requisiti minimi per la pubblicazione dei dati di interazione molecolare, nonché la formazione e lo scambio di personale incaricato del mantenimento delle banche dati partecipanti. Gli architetti dello standard MIAB sottolineano che al fine di un'analisi corretta dei dati raccolti è essenziale che essi siano confrontabili. Una più profonda comprensione di ciò che rende i farmaci efficaci può essere acquisita mettendo insieme dati provenienti da un gran numero di programmi di scoperta di nuovi farmaci, come spiega il dottor John Overington, del EMBL-EBI: "Speriamo che MIABE produca un aumento considerevole della quantità di dati disponibili per l'analisi. L'esperienza con altri standard ha mostrato che con l'aumentare dei più gruppi che li adottano, cresce anche la quantità di dati utilizzabili a disposizione dei ricercatori". Lo sviluppo di questo nuovo standard comporta anche implicazioni economiche. "L'aumentata disponibilità di dati conformi agli standard aiuta le aziende a ottimizzare i loro processi decisionali", commenta un altro autore dello studio, il dottor Dominic Clark, dell'EMBL-EBI. "L'industria si basa sempre di più sui dati di dominio pubblico. Avere a disposizione un insieme di principi e standard renderà più semplice l'integrazione dei dati e il controllo dei costi." Rendere i dati di dominio pubblico non significa però soltanto conoscere le entità biologiche "efficaci". Non è mai stato facile individuare e sviluppare molecole con proprietà bioattive utili - come gli agenti farmaceutici, pesticidi e additivi alimentari - e solo una manciata di nuovi farmaci sperimentali ce la farà ad essere approvati per l'uso clinico, ma gli scienziati devono conoscere le molecole che non ce l'hanno fatta e perché. Alcune molecole non ce la fanno a raggiungere il mercato a causa della mancanza di efficacia o di effetti collaterali e tossicità imprevisti, per esempio. I pesticidi che hanno effetti collaterali negativi per altri organismi oltre il loro bersaglio originale e gli additivi alimentari come gli steroli vegetali che sono soggetti ad una regolamentazione molto severa sono anch'essi spesso bloccati. Un esempio recente che mostra gli effetti positivi di disporre di dati sui composti bioattivi largamente disponibili è stato il rilascio dei dati da parte delle aziende farmaceutiche GlaxoSmithKline e Novartis, nonché del St Jude Children's Research Hospital, negli Stati Uniti, relativi a oltre 14.000 composti che sono noti per essere attivi contro il parassita responsabile della trasmissione della malaria. Ora questi dati sono disponibili nella banca dati ChEMBL, un database di piccole molecole simil-farmaco bioattive, che è stata sviluppata con il sostegno del 7° PQ e dell'Iniziativa in materia di medicinali innovativi (IMI) dell'UE. I dati di questa banca dati sono stati utilizzati in uno screen chemogenomico che ha identificato le proteine Schistosoma mansoni contro le quali possono essere attivi i farmaci esistenti. Ciò ha fatto crescere la speranza che potrebbero essere utilizzate terapie conosciute per trattare la schistosomiasi, una malattia tropicale trascurata, che colpisce attualmente 210 milioni di persone in 76 Paesi del mondo. Con lo sviluppo dello standard MIABE i chimici sperano che le storie di successo come questa diventeranno una regolarità.Per maggiori informazioni, visitare: Laboratorio europeo di biologia molecolare (EMBL) - Istituto europeo di bioinformatica: http://www.ebi.ac.uk/ Paesi Canada, Svizzera, Svezia, Regno Unito, Stati Uniti
