Découvrir des vérités sur la grippe aviaire
À l’instar de la COVID-19, la grippe aviaire (GA) est une zoonose d’origine sauvage. La grippe aviaire a également un potentiel de transmission rapide et inter-espèces, engendre un fardeau socio-économique important et nécessite des stratégies de contrôle initial pour contenir les épidémies. Il est important de comprendre comment les maladies infectieuses émergent et circulent à l’interface animal-homme pour mieux prévenir et contrôler l’émergence future de maladies. DIGDEEP, un projet financé par le programme Actions Marie Skłodowska-Curie, visait à élucider la dynamique de transmission de la GA à l’interface volaille-oiseau sauvage-homme à l’aide d’une combinaison originale d’approches épidémiologiques et phylodynamiques. Combinaison de processus évolutifs et écologiques, la phylogénie donne un aperçu unique du comportement viral et donc de stratégies de contrôle plus efficaces. Avec cette formulation, l’objectif principal du projet était de générer les connaissances de base nécessaires au développement de stratégies de contrôle efficaces adaptées aux caractéristiques de l’évolution et de la transmission de la GA et d’informer les responsables des politiques de santé.
Des résultats inattendus
DIGDEEP a étudié l’inférence des paramètres épidémiologiques clés de la propagation de la GA, tels que le nombre de reproductions de base et les événements de débordement quantifiés entre les espèces hôtes. En outre, il s’est concentré sur l’estimation du nombre de cas non signalés, cruciale pour formuler une réponse bien informée. Dans l’une des analyses menées par le projet, les chercheurs ont appliqué des outils phylodynamiques aux séquences génétiques de la GA collectées lors de l’épidémie sans précédent de 2016-2017 en Europe. «Nous avons montré que le milieu de l’épidémie était en partie alimenté par des événements de transmission entre oiseaux sauvages et volailles d’élevage, indiquant que le rôle des oiseaux sauvages était probablement plus important que prévu et ne se limitait pas au début de l’épidémie», explique Claire Guinat, coordinatrice du projet. Cela a permis aux chercheurs d’informer les décideurs politiques que des efforts sont nécessaires pour garantir que les stratégies de prévention visant à limiter la propagation de la GA entre les oiseaux sauvages et les volailles d’élevage soient mises en œuvre pendant les périodes à haut risque. Ces stratégies comprennent la restriction de l’accès à l’extérieur et la fourniture d’aliments et d’eau potable en intérieur.
Le partage des données est une question d’entraide
L’un des défis auxquels l’équipe de DIGDEEP a été confrontée était la forte demande de calcul pour les approches phylodynamiques. Cela les a amenés à réduire le nombre de paramètres épidémiologiques clés qu’ils cherchaient à déduire en simplifiant leurs modèles évolutifs de la GA. L’accès limité aux séquences génétiques de la GA et leur partage restreint pendant les épidémies ont également constitué un inconvénient. Malheureusement, il n’existe actuellement aucune directive visant à garantir que les données soient partagées aussi largement et rapidement que possible. «Nous avons dû nous appuyer sur notre réseau de collaborateurs internationaux issus de nos expériences passées pour accéder aux données dont nous avions besoin pour mener à bien le projet», déclare Claire Guinat. «Nous sommes fermement convaincus que de nouveaux outils et pratiques sont nécessaires pour favoriser la coopération en matière de partage des données.»
Des connaissances pour la prévention
DIGDEEP semble être un tremplin pour générer les connaissances nécessaires à l’élaboration de stratégies de contrôle efficaces adaptées aux caractéristiques de l’évolution et de la transmission du virus. Ces stratégies comprennent la mise en quarantaine des hôtes infectés, l’interdiction des déplacements dans les zones à haut risque d’infection et le renforcement de la biosécurité. L’équipe entend étendre le projet à l’étude des zones où les récents événements d’émergence de la GA ont provoqué de longues et grandes épidémies, comme en Europe au cours des hivers 2021 et 2022, ainsi qu’en Asie ces dernières années. Par la suite, leur objectif est de s’attaquer au risque d’infections zoonotiques par la GA. Sur la base d’informations génétiques, ils suivront les mutations qui augmentent le risque de transfert de la GA aux hôtes mammifères.
Mots‑clés
DIGDEEP, grippe aviaire, stratégies de lutte, oiseaux sauvages, volailles d’élevage, oiseaux
