Des traitements basés sur le microbiome pour cibler les maladies du foie
La stéatose hépatique non alcoolique (NAFLD) affecterait près de 25 % de la population mondiale et impose une énorme charge sur les systèmes de santé européens. Les facteurs de risque comprennent une mauvaise alimentation, un manque d’exercice, le surpoids et d’autres troubles du métabolisme comme le diabète de type 2. Parmi les potentiels facteurs de causalité, les chercheurs ont également identifié un déséquilibre dans la composition du microbiome intestinal ainsi que des problèmes connexes liés à la perméabilité intestinale. «La NAFLD est une maladie silencieuse qui peut évoluer en lésion grave du foie», souligne Gianni Panagiotou, coordinateur de BestTreat, affilié au Hans Knöll Institute, en Allemagne. «Elle serait également une cause majeure du cancer du foie.» Les principaux défis à relever pour lutter contre cette maladie comprennent la diversité des causes profondes de la NAFLD et de ses évolutions en fonction des différents individus. Il n’est donc pas toujours facile de cibler des thérapies répondant aux besoins de chacun.
Microbiome intestinal et maladie du foie
BestTreat, qui a été entrepris avec le soutien du programme Actions Marie Skłodowska-Curie, a cherché à relever ce défi en développant de nouvelles approches diagnostiques et thérapeutiques à la NAFLD. Pour ce faire, le projet entendait mieux comprendre le rôle du microbiome intestinal. Les interactions entre les altérations du microbiome et l’inflammation chez les patients atteints de NAFLD ont été étudiées. «L’un des premiers jalons que nous avons atteints a été la découverte de souches microbiennes intestinales, de métabolites et de paramètres biochimiques qui pourraient nous aider à prédire le risque de développer la NAFLD», explique Gianni Panagiotou. «Pour ce faire, nous avons mesuré plusieurs paramètres cliniques et métabolites du sang, et analysé la composition de la microflore intestinale dans des échantillons de selles de patients atteints de NAFLD. Ils ont ensuite été comparés à ceux de personnes en bonne santé.» L’équipe a également analysé l’impact de l’exercice et des régimes à base de prébiotiques sur la prédisposition à la maladie et sa progression chez les patients atteints de NAFLD. L’équipe a pu identifier des paramètres ou des biomarqueurs susceptibles d’aider le personnel médical à suivre les progrès de ces interventions.
Des méthodes d’évaluation des risques basées sur l’IA
L’un des résultats les plus importants qui ressort de ces travaux sur le microbiome a été le développement d’un modèle d’évaluation des risques de NAFLD basé sur l’apprentissage automatique, l’objectif ultime étant de finalement remplacer les procédures onéreuses et invasives de biopsie du foie. «Nous espérons que notre modèle d’évaluation des risques serve de preuve de concept pour développer des outils d’IA très précis pour diagnostiquer la NAFLD», ajoute Gianni Panagiotou. «Au lieu de prédictions basées sur la biopsie du foie, cet outil pourrait faciliter le pronostic et l’administration du traitement au niveau de la population.» L’équipe a également réalisé des avancées dans la caractérisation de changements métaboliques chez des patients NAFLD en raison d’un exercice physique et d’un changement de régime alimentaire. «Grâce à des essais cliniques avec des patients NAFLD, nous avons pu identifier comment un régime riche en prébiotiques peut améliorer le pronostic des patients NAFLD», ajoute Gianni Panagiotou. De simple interventions sur le mode de vie, comme de l’exercice et des régimes à base de prébiotiques, ont donc démontré leur potentiel en tant que traitements non invasifs, bon marché et axés sur les patients.
Souches fongiques et progression de la NAFLD
D’autres découvertes importantes ont été réalisées. Elles comprennent le fait que les gènes pro-inflammatoires et la dysbiose du mycobiome (un déséquilibre des souches fongiques dans l’intestin) pourraient agir ensemble et aggraver la progression de la NAFLD. «Bien que d’autres études soient nécessaires, nous avons constaté que les champignons intestinaux jouent un rôle important et jusqu’à présent ignoré dans la pathogenèse de la NAFLD», conclut Gianni Panagiotou. La réussite de BestTreat a donc ouvert de nouvelles voies de recherche sur la NAFLD, une maladie qui continue à considérablement affecter la santé de millions d’Européens.
Mots‑clés
BestTreat, foie, microbiome, NAFLD, maladie, intestin, IA, fongique, mycobiome
