Approche logicielle pour mieux comprendre la MAPK
Le projet MAPK SIGNALLING financé par la CE a décidé d'éclaircir l'organisation spatio-temporelle de la voie et la façon dont cette organisation influe sur la fonction. En d'autres termes, même si les scientifiques connaissent désormais l'organisation de la voie, nous en savons toujours peu sur l'implication de la voie dans tous les autres processus. Le Beatson Institute for Cancer Research, partenaire du projet, s'est penché sur la mise au point d'instruments appropriés nécessaires au traitement de données concernant l'expression de la protéine et du gène. Ces instruments font partie intégrante des efforts de recherche réalisés dans le cadre du projet, étant donné la quantité d'informations qui doit être traitée et interprétée. Les chercheurs ont tenté d'identifier les protéines qui peuvent être utilisées pour les études concernant l'expression des protéines en utilisant des gels bidimensionnels (2D). L'objectif global du projet consistait à modéliser la voie MAPK grâce à ces données protéomiques à haut débit. Une partie de l'objectif a été atteinte à travers le développement d'un portail spécifique qui vise à gérer les données du gel 2D et à déterminer les interactions protéine-protéine. La base de données en ligne a été réalisée par la plateforme .NET; les requêtes sur cette base de données peuvent être obtenues de diverses manières. Notamment par un logiciel tiers et un ensemble de requêtes standard intégrées à la base de données.