Software-Ansatz für Verständnis der MAPK
Ziel des EU-finanzierten MAPK SIGNALLING-Projektes ist die Erforschung der Raum-Zeit-Organisation des Stoffwechselwegs und wie diese Organisation die Funktion beeinflusst. Mit anderen Worten: obwohl Wissenschaftler nun die Details des Stoffwechselwegs kennen, ist nur wenig hinsichtlich der Beteiligung des Stoffwechselwegs bei all den unterschiedlichen Prozessen bekannt. Die Projektpartner am Beatson Institut für Krebsforschung befassten sich mit der Entwicklung des geeigneten Werkzeugs für die Verarbeitung von Protein- und Genexpressionsdaten. Diese Werkzeuge bilden einen wesentlichen Teil der Forschungsbemühungen innerhalb des Projektes angesichts des Umfangs an Informationen, die bearbeitet und interpretiert werden müssen. Die Forscher versuchten Proteine, die für die Proteinexpressionsuntersuchungen mit 2-dimensionalen (2D) Gelen verwendet werden, zu identifizieren. Das Gesamtziel war die Modellierung des MAPK-Stoffwechselwegs mit diesen proteomischen Hochdurchsatzdaten. Ein Teil dieses Ziels wurde durch die Entwicklung eines spezifischen Portals erreicht, das dazu verwendet wurde, 2D-Geldaten zu verwalten und Protein-Protein Wechselwirkungen genau zu beschreiben. Die Online-Datenbank wurde auf der .NET Plattform entwickelt. Es gibt eine Vielzahl von Tools um Informationen aus der Datenbank abrufen. Dazu gehören Software von Dritten, sowie einen Satz an Standardabfragen, der in die Datenbank integriert ist.