Génotypage rapide de la maladie inflammatoire intestinale
La nature complexe des maladies inflammatoires chroniques intestinales (MICI) rend extrêmement difficile la catégorisation des mécanismes biochimiques en jeu. Cet état de fait conduit à des diagnostics approximatifs ou inexacts et à un éventuel retard dans la mise en place d'un traitement approprié pour les nombreuses personnes souffrant de ces maladies. C'est pourquoi le projet GENETICS OF IBD, financé par l'UE, a adopté une approche systématique qui permettra d'élucider la base polygénique de la maladie. L'objectif du projet est de trouver des cibles thérapeutiques en appliquant les techniques de la génomique et de la protéomique à grande échelle sur des anomalies moléculaires validées. L'équipe basée au centre hospitalier universitaire du Schleswig-Holstein (Allemagne) s'est particulièrement attachée à mettre en place un système de génotypage à haut débit des polymorphismes de nucléotides simples ou SNP (SNP, pour single nucleotide polymorphism). Les résultats obtenus pourraient alors servir de base pour de nouveaux travaux tels que ceux permettant la mise en œuvre d'une vaste base de données intégrée contenant les quelque 2,3 millions de génotypes SNP obtenus au cours de ce projet de recherche. Récoltées à partir des bases de données publiques, les informations concernant les mutations détectées ont été classées par familles de paires apparentées et de triplets si nécessaire. Un TAQman à haut débit a été utilisé pour transcrire les deux familles sur des plaques de microtitration. La mise en place de cette disposition stable a aussi bien permis le traitement rapide des échantillons que la procédure TAQman elle-même. La réaction en chaîne par polymérase en temps réel TAQman mesure l'accumulation de l'ADN directement pendant la phase exponentielle d'amplification et pas seulement à la fin de la réaction comme dans la technique classique de PCR, ce qui rend le processus intrinsèquement plus rapide. Les plaques TAQman ont alors été analysées et les résultats exportés vers la base de données intégrée mise en place dans le cadre du projet. Les coordonnées des résultats des microplaques de 96 ou 384 puits ont été attribuées à chaque patient. Ainsi, à partir de ce codage, un génotype a pu être assigné à chaque individu. De plus, un contrôle qualité a été réalisé a partir d'une série de puits témoins réservés sur chaque plaque de microtitration. Afin de réduire le coût de la procédure d'un facteur dix pendant le projet, un multiplexage des SNP a été mis en place. Ce qui a permis le séquençage simultané de 48 SNP par échantillon. Les nouvelles recherches qui utiliseront les méthodes et la base de données du projet pourront ainsi être économiquement compétitives.