Szybkie genotypowanie w złożonym zapaleniu jelit
Złożona natura zapalenia jelit (IBD) oznacza, że dokładna natura biochemii schorzenia jest wyjątkowo trudna do skategoryzowania. To z kolei prowadzi do niedokładności w diagnozie i możliwego opóźnienia leczenia dla wielu dotkniętych nim pacjentów. Było to podstawą dla finansowanego przez UE projektu GENETICS OF IBD do wykorzystania podejścia systematycznego do dalszego wyjaśnienia wielogenowego podłoża choroby. Celem było zastosowanie technik proteomicznych i genomicznych na masową skalę ze sprawdzonymi odchyleniami molekularnymi do wykorzystania jako cele terapii. Grupa ze Szpitala Uniwersyteckiego w Szlezwiku-Holsztynie w Niemczech obrała za cel wdrożenie systemu wysokowydajnego genotypowania polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP). To stworzyłoby podstawę do dalszych badań, ponieważ w czasie trwania projektu zawarto w zintegrowanej bazie danych około 2,3 mln genotypów SNP. Szczegóły wykrytych mutacji, uzyskane z publicznych baz danych, były typowane w rodzinach par bliźniąt i trojaczków. Wysokowydajny test TAQman został wykorzystany do typowania na płytkach mikromiareczkowych. Uzyskany obraz był jednym z czynników wpływających na szybkie przetwarzanie próbek w trakcie procedury TAQman. Reakcja łańcuchowa polimerazy w czasie rzeczywistym z TAQman pozwala zmierzyć akumulację produktu nie w końcowej fazie reakcji, ale w fazie ekspotencjalnego wzrostu, co sprawia, że proces ten jest znacznie szybszy. Płytki TAQman były odczytywane i importowane do zintegrowanej bazy danych stworzonej w ramach projektu. Przypisano koordynaty do każdego pacjenta, względem którego wyniki były zapisane na płytkach 384 lub 96-cio dołkowych. Dzięki kodowaniu przypisano genotyp każdej osobie. Co więcej, w ramach każdej kontroli na płytce możliwe było przeprowadzenie kontroli jakości. W celu obniżenia kosztów 10 razy w czasie projektu, do genotypowania zastosowano multipleksowany system SNPlex. Pozwoliło to na jednoczesne typowanie 48 SNP w jednej próbie. Znaczy to, że dalsze badania wykorzystujące bazę danych tego projektu i jego metody będą miały przewagę nad innymi.
