Conversión de grandes volúmenes de datos sobre el genoma de plantas
La finalización del genoma de la Arabidopsis y las extensas colecciones de secuencias de otras plantas que se han elaborado en los últimos años han dado pie a un gran número de investigaciones sobre genómica funcional. Sin embargo, los recursos existentes no se aprovechan de forma eficaz, dado que las colecciones de datos de biología molecular están dispersas y son heterogéneas. Los esfuerzos que hay en marcha para lograr la absoluta integración de estos recursos aún están muy lejos de alcanzar su cometido. El objetivo fundamental del proyecto PLANET era solventar las limitaciones de las iniciativas individuales y de las colecciones independientes de datos de biología molecular. A diferencia de muchas otras iniciativas que han abordado el tema del almacenamiento de datos, los socios de PLANET no propusieron una solución consistente en una gran base de datos única que recopile todos los datos obtenidos del mapeo de genomas vegetales, sino que desarrollaron tecnologías web para acceder a aquellos conjuntos de datos actualizados que permanecían distribuidos y los especialistas elaboraron anotaciones. Uno de los socios del proyecto, el Consejo Superior de Investigaciones Científicas de España, creó YAdumper, una herramienta especializada que facilita una descarga estructura de la información de bases de datos distribuidas. Se trata de una aplicación en Java que no presupone nada acerca de las capacidades de cada base de datos. Requiere que se le introduzca un conjunto de variables globales, las funciones de formateado y el nombre del archivo que se va a generar, que puede estar en XML u otro formato plano. El único archivo que se almacena permanentemente en la memoria es el de los datos de la plantilla. YAdumper no sólo ocupa poco espacio en la memoria. Al permitir el envío de consultas a múltiples bases de datos, así como el uso de consultas correlacionadas, se facilita la extracción de miles de filas relacionadas desde bases de datos de biología molecular. YAdumper es una de las diversas tecnologías desarrolladas por el proyecto PLANET. Se espera que facilite la exploración sistemática del genoma de la Arabidopsis y otras plantas.
