Du génome à l'immunoréaction
Avec l'avènement des technologies de séquençage du génome, il est devenu plus simple de procéder à la séquence du génome entier des pathogènes sur une courte durée. Ces informations pourront servir à étudier la biologie de pratiquement tous les pathogènes et leur effet potentiel, par le biais des protéines traduites, sur le système immunitaire. Les peptides font partie des unités de traitement principales de notre système immunitaire. Les cellules T ont été développées pour reconnaître et lier les peptides présentés aux molécules du CMH (Complexe majeur d'histocompatibilité) des cellules présentant des antigènes ou des cellules hôtes. La génération et la présentation de peptides est un processus complexe impliquant de nombreuses étapes. Essentiellement, chaque individu présente à ses cellules T une empreinte peptidique unique et très diverse du métabolisme des protéines actuel. La raison d'être du projet Genomes_TO_Vaccines («Translating genome and proteome information into immune recognition») financé par l'UE était de comprendre, décrire et prévoir comment le système immunitaire gère les protéines. Des essais biochimiques efficaces ont initialement été développés pour. pouvoir évaluer les trois principales étapes dans la génération des épitopes des cellules T. Il s'agit de la fragmentation protéolytique des antigènes protéiques dans la protéasome, le phénomène de translocalisation des peptides (TAP), et de la sélection et présentation des peptides sur les molécules du CMH. Les scientifiques ont utilisé la bioinformatique pour prévoir le résultat de ces processus in silico et les réponses potentielles des cellules T humaines. Les isolats viraux de la grippe A ont permis de tester le processus de dépistage de l'épitope, et de prévoir les peptides dans les essais de liaison du CHM biochimique et, plus important encore, chez les convalescents en bonne santé de la grippe. Associée aux données sur le virus SRAS, l'étude Genomes_TO_Vaccines a identifié 13 nouveaux épitopes de la grippe, qui couvrait pratiquement l'intégralité de la population. Ces épitopes ont été sélectionnés du fait qu'ils étaient très bien conservés et notamment, parce qu'ils comprenaient les isolats actuels de la grippe aviaire. Genomes_TO_Vaccines a démontré la faisabilité de la traduction des informations génomiques en reconnaissance immune. La technologie développée pourrait être utilisé pour la conception de stratégies d'immunothérapie et de vaccination, améliorant ainsi la qualité de vie des citoyens européens.