Del genoma a la respuesta inmune
La aparición de las tecnologías de secuenciación genómica ha facilitado la secuenciación al completo del genoma de patógenos en un tiempo reducido. La información resultante serviría para estudiar la biología de prácticamente cualquier patógeno y sus efectos potenciales (a través de las proteínas transformadas) sobre el sistema inmunitario. Los péptidos se encuentran entre las principales unidades de procesado del sistema inmunitario humano. El cometido de los linfocitos T es reconocer los péptidos —y unirse a ellos— presentes en las moléculas del complejo mayor de histocompatibilidad (CMH) de células presentadoras de antígenos o células huésped. La generación y presentación de péptidos constituyen un proceso bastante complejo dividido en numerosas fases. Esencialmente, cada individuo confiere a sus linfocitos T una impronta peptídica única y extremadamente diversa del metabolismo proteico en curso. El propósito del proyecto financiado con fondos europeos Genomes_TO_Vaccines («Transformación de información sobre el genoma y el proteoma en reconocimiento inmunitario») era desentrañar, describir y predecir de qué manera el sistema inmunitario gestiona las proteínas. Se desarrollaron ensayos bioquímicos eficientes para poder evaluar las tres fases principales en la generación de epítopos de linfocitos T, a saber, la fragmentación proteolítica de antígenos proteicos en el proteosoma, el evento de translocación de péptidos (TAP) y la selección y presentación de péptidos en las moléculas del CMH. Los científicos emplearon las herramientas bioinformáticas para predecir el desenlace de estos procesos in silico y las posibles respuestas de los linfocitos T humanos. Se utilizaron aislados del virus de la gripe A para probar el proceso de exploración de epítopos y para predecir péptidos en ensayos bioquímicos de unión al CMH y, lo que es más importante, en pacientes convalecientes de gripe pero sanos. Ayudándose de datos sobre el virus de la neumonía atípica (SARS), mediante el estudio Genomes_TO_Vaccines se identificaron trece nuevos epítopos de la gripe que, en la práctica, abarcaban al conjunto de la población. Se seleccionaron estos epítopos por presentar un grado elevado de conservación y por abarcar los aislados actuales de la gripe aviar. Genomes_TO_Vaccines demostró la viabilidad de transformar información genómica en reconocimiento inmune. La tecnología desarrollada podría aprovecharse en el diseño de inmunoterapias y de métodos de vacunación, todo lo cual redundará positivamente en la calidad de vida de los ciudadanos europeos.
