Dal genoma alla risposta immunitaria
Con l'avvento delle tecnologie di sequenziazione genomica, è diventato più facile sequenziare l'intero genoma dei patogeni entro un breve periodo di tempo. Tali informazioni possono essere utilizzate per studiare la biologia praticamente di qualsiasi patogeno e i relativi effetti potenziali - attraverso le proteine traslate - sul sistema immunitario. I peptidi compaiono tra le unità di elaborazione chiave del nostro sistema immunitario. Le cellule T si sono sviluppate in modo da essere in grado di riconoscere e legare i peptidi che si presentano sulle molecole MHC di cellule o cellule ospiti che presentano antigeni. La generazione e presentazione dei peptidi è un processo piuttosto complicato che comporta più passaggi. In sostanza, ogni individuo presenta alle proprie cellule T un'impronta peptidica unica e altamente differenziata del metabolismo proteico in corso. La motivazione alla base del progetto Genomes_TO_Vaccines ("Translating genome and proteome information into immune recognition"), finanziato dall'UE, era quella di comprendere, descrivere e predire il modo in cui il sistema immunitario gestisce le proteine. Inizialmente sono stati sviluppati efficaci campionamenti biochimici per consentire di valutare i tre passaggi principali nella generazione degli epitopi delle cellule T. Questi passaggi includono la frammentazione proteolitica degli antigeni della proteine nel proteosoma, l'evento di translocazione del peptide (TAP) e la selezione presentazione delle molecole del MHC. %Ricercatori hanno utilizzato tecniche di bioinformatica per predire in silico l'esito questi processi e le potenziali risposte nelle cellule T umane. Virali isolati di influenza A sono stati utilizzati per collaudare il processo di scansione degli epitopi e predire i peptidi, sia nei test di legame MHC biochimico, sia, più importante, nei convalescenti sani d'influenza. In combinazione con i dati sul virus della SARS, lo studio Genomes_TO_Vaccines ha identificato 13 nuovi epitopi d'influenza, che coprivano praticamente l'intera popolazione. Tali epitopi sono stati selezionati per essere altamente conservati e, cosa notevole, comprendevano tutti gli isolati dell'attuale influenza aviaria. Il progetto Genomes_TO_Vaccines ha dimostrato la fattibilità della traduzione di informazioni genomiche in riconoscimento immunitario. La tecnologia sviluppata ha il potenziale di essere utilizzata per la progettazione di strategie d'immunoterapia e vaccinazione, migliorando così la qualità della vita dei cittadini europei.
