Análisis revolucionario de ácidos nucleicos
En el proyecto «Revolutionary approaches and devices for nucleic acid analysis» (READNA) participarán científicos de diferentes disciplinas procedentes de doce universidades y seis empresas. Los investigadores realizaron logros considerables que se tradujeron en veinte patentes y más de cien publicaciones. Los científicos normalizaron las técnicas de secuenciación de nueva generación (SNG) punteras como la PCR MegaPlex. Las reacciones en cadena de la polimerasa (PCR) Multiplex permiten estudiar los genes de interés y la variabilidad genómica. Los miembros de READNA crearon un formato de matriz para el genotipado utilizando la técnica de hibridación dinámica específica de alelo (DASH). Se elaboró un protocolo de resecuenciación sencillo para la ribo-PCR y espectrometría de masas (EM) junto con un protocolo para el tipado de antígenos humanos leucocitarios (HLA) de alta resolución y bajo coste. Se lograron avances importantes en el desarrollo de técnicas de secuenciación de tercera generación mediante técnicas de ligamiento químico y sistemas de transferencia de energía por resonancia de fluorescencia (FRET) para el análisis de ADN. Se optimizaron los chips de microfluido para analizar fragmentos de ADN genómico ultra largos extraídos, mediante diversas técnicas, de células y cromosomas individuales. Los miembros de READNA desarrollaron técnicas de cartografía para ADN de varias megabases de longitud mediante su comparación con mapas in silico basados en genomas de referencia. Con objeto de obtener datos a escala genómica, el ADN en cuestión se extrajo y se amplificó. Posteriormente, se realizó la hibridación fluorescente in situ (FISH) para definir los niveles de organización del genoma. Con objeto de detectar y analizar los cuatro nucleótidos como bases individuales en el ADN, el equipo diseñó técnicas de secuenciación de ADN con nanoporos proteicos. Con la creación de matrices estables de grandes dimensiones con nanoporos proteicos, los científicos se aproximan al análisis de ADN y ARN de alto rendimiento. El análisis mediante nanoporos ha logrado detectar cambios en las metilaciones del ADN y modificaciones en el ARN del orden de bases. Los investigadores han alcanzado la fase demostrativa preliminar para la secuenciación in situ de ácidos nucleicos en células y tejidos (secciones histológicas). Actualmente esta técnica de ensayo de hibridación por proximidad (PLA) para mutaciones localizadas en secciones histológicas ya está comercializada. Los resultados del proyecto se divulgaron a través de la página web del proyecto, un folleto, talleres, publicaciones científicas y presentaciones en congresos. Las técnicas desarrolladas en este proyecto no solo podrían mejorar la atención sanitaria y la medicina personalizada, también podrían tener aplicación en otros sectores como la agricultura y la biotecnología.
