Computational Microscope on Molecular Binding: from atom to cell membrane scale

Informations projet

CoMMBi

N° de convention de subvention: 101001784

DOI

10.3030/101001784

Date de signature de la CE 25 Mai 2021

Date de début 1 Septembre 2021

Date de fin 29 Février 2028

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 497,00

Contribution de l’UE

€ 1 999 497,00

Coordonné par

UNIVERSITA DELLA SVIZZERA ITALIANA
Switzerland

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (13)

Drug Repurposing on G Protein-Coupled Receptors Using a Computational Profiling Approach

Auteurs: Alessandra de Felice, Simone Aureli, Vittorio Limongelli
Publié dans: Frontiers in Molecular Biosciences, 2021, ISSN 2296-889X
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fmolb.2021.673053

Expanding the Library of 1,2,4-Oxadiazole Derivatives: Discovery of New Farnesoid X Receptor (FXR) Antagonists/Pregnane X Receptor (PXR) Agonists

Auteurs: Claudia Finamore, Carmen Festa, Bianca Fiorillo, Francesco Saverio Di Leva, Rosalinda Roselli, Silvia Marchianò, Michele Biagioli, Lucio Spinelli, Stefano Fiorucci,Vittorio Limongelli, Angela Zampella, Simona De Marino
Publié dans: Molecules, 2023, ISSN 1420-3049
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/molecules28062840

Uracil/H+ Symport by FurE Refines Aspects of the Rocking-bundle Mechanism of APC-type Transporters

Auteurs: Iliana Zantza, Yiannis Pyrris, Stefano Raniolo, Georgia F. Papadaki, George Lambrinidis, Vittorio Limongelli, George Diallinas, Emmanuel Mikros
Publié dans: Journal of Molecular Biology, 2023, ISSN 0022-2836
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2023.168226

Structural Basis for Developing Multitarget Compounds Acting on Cysteinyl Leukotriene Receptor 1 and G-Protein-Coupled Bile Acid Receptor 1

Auteurs: Bianca Fiorillo; Valentina Sepe; Paolo Conflitti; Rosalinda Roselli; Michele Biagioli; Silvia Marchianò; Pasquale De Luca; Giuliana Baronissi; Pasquale Rapacciuolo; Chiara Cassiano; Bruno Catalanotti; Angela Zampella; Vittorio Limongelli; Vittorio Limongelli; Stefano Fiorucci
Publié dans: JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, Numéro 1, 2021, ISSN 0022-2623
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.1c01078

Discovery of a Novel Class of Dual GPBAR1 Agonists–RORγt Inverse Agonists for the Treatment of IL-17-Mediated Disorders

Auteurs: Bianca Fiorillo; Rosalinda Roselli; Claudia Finamore; Michele Biagioli; Cristina di Giorgio; Martina Bordoni; Paolo Conflitti; Silvia Marchianò; Rachele Bellini; Pasquale Rapacciuolo; Chiara Cassiano; Vittorio Limongelli; Valentina Sepe; Bruno Catalanotti; Stefano Fiorucci; Angela Zampella
Publié dans: ACS Omega, Numéro 1, 2023, ISSN 2470-1343
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsomega.2c07907

Transferring chemical and energetic knowledge between molecular systems with machine learning

Auteurs: Sajjad Heydari, Stefano Raniolo, Lorenzo Livi, Vittorio Limongelli
Publié dans: Communications Chemistry, 2023, ISSN 2399-3669
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s42004-022-00790-5

Improving Small-Molecule Force Field Parameters in Ligand Binding Studies

Auteurs: Stefano Raniolo, Vittorio Limongelli
Publié dans: Frontiers in Molecular Biosciences, 2021, ISSN 2296-889X
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fmolb.2021.760283

Phosphorylation of FAM134C by CK2 controls starvation-induced ER-phagy

Auteurs: GIORGIA DI LORENZO, FRANCESCOPAOLO IAVARONE, MARIANNA MADDALUNO, ANA BELÉN PLATA-GÓMEZ, SIMONE AURELI, CAMILA PAZ QUEZADA MEZA, LAURA CINQUE, ALESSANDRO PALMA, ALESSIO REGGIO, CARMINE CIRILLO, FRANCESCA SACCO, ALEXANDRA STOLZ, GENNARO NAPOLITANO, ORIANO MARIN, LORENZO A. PINNA, MARIA RUZZENE, VITTORIO LIMONGELLI, ALEJO EFEYAN, PAOLO GRUMATI, CARMINE SETTEMBRE
Publié dans: SCIENCE ADVANCES, 2022, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abo1215

Discovery of Bile Acid Derivatives as Potent ACE2 Activators by Virtual Screening and Essential Dynamics

Auteurs: Bianca Fiorillo; Silvia Marchianò; Federica Moraca; Valentina Sepe; Adriana Carino; Pasquale Rapacciuolo; Michele Biagioli; Vittorio Limongelli; Angela Zampella; Bruno Catalanotti; Stefano Fiorucci
Publié dans: Journal of Chemical Information and Modeling, Numéro 1, 2021, ISSN 1549-960X
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.1c01126

Perspectives on Ligand/Protein Binding Kinetics Simulations: Force Fields, Machine Learning, Sampling, and User-Friendliness

Auteurs: Paolo Conflitti, Stefano Raniolo, Vittorio Limongelli
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, 2023, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00641

Discovery of a Potent and Orally Active Dual GPBAR1/CysLT1R Modulator for the Treatment of Metabolic Fatty Liver Disease

Auteurs: Stefano Fiorucci, Pasquale Rapacciuolo, Bianca Fiorillo, Rosalinda Roselli, Silvia Marchianò, Cristina Di Giorgio, Martina Bordoni, Rachele Bellini, Chiara Cassiano, Paolo Conflitti, Bruno Catalanotti, Vittorio Limongelli, Valentina Sepe, Michele Biagioli, Angela Zampella
Publié dans: Frontiers in Pharmacology, 2022, ISSN 1663-9812
Éditeur: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fphar.2022.858137

Structural basis of dimerization of chemokine receptors CCR5 and CXCR4

Auteurs: Daniele di Marino, Paolo Conflitti, Stefano Motta, Vittorio Limongelli
Publié dans: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42082-z

Conformational plasticity and allosteric communication networks explain Shelterin protein TPP1 binding to human telomerase

Auteurs: Simone Aureli, Vince Bart Cardenas, Stefano Raniolo, Vittorio Limongelli
Publié dans: Communications Chemistry, Numéro 1, 2023, ISSN 2399-3669
Éditeur: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s42004-023-01040-y

Other (1)

HEroBM: a deep equivariant graph neural network for universal backmapping from coarse-grained to all-atom representations

Auteurs: Daniele Angioletti, Stefano Raniolo, Vittorio Limongelli
Publié dans: arXiv, 2024
Éditeur: Cornell Tech
DOI: 10.48550/arxiv.2404.16911

Non-peer reviewed articles (1)

Minute-timescale free-energy calculations reveal a pseudo-active state in the adenosine A2A receptor activation mechanism

Auteurs: Vincenzo Maria D’Amore, Paolo Conflitti, Luciana Marinelli, Vittorio Limongelli
Publié dans: Chem, 2024, ISSN 2451-9308
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chempr.2024.08.004