Computational Microscope on Molecular Binding: from atom to cell membrane scale

Informazioni relative al progetto

CoMMBi

ID dell’accordo di sovvenzione: 101001784

DOI

10.3030/101001784

Data della firma CE 25 Maggio 2021

Data di avvio 1 Settembre 2021

Data di completamento 29 Febbraio 2028

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 999 497,00

Contributo UE

€ 1 999 497,00

Coordinato da

UNIVERSITA DELLA SVIZZERA ITALIANA
Switzerland

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (13)

Drug Repurposing on G Protein-Coupled Receptors Using a Computational Profiling Approach

Autori: Alessandra de Felice, Simone Aureli, Vittorio Limongelli
Pubblicato in: Frontiers in Molecular Biosciences, 2021, ISSN 2296-889X
Editore: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fmolb.2021.673053

Expanding the Library of 1,2,4-Oxadiazole Derivatives: Discovery of New Farnesoid X Receptor (FXR) Antagonists/Pregnane X Receptor (PXR) Agonists

Autori: Claudia Finamore, Carmen Festa, Bianca Fiorillo, Francesco Saverio Di Leva, Rosalinda Roselli, Silvia Marchianò, Michele Biagioli, Lucio Spinelli, Stefano Fiorucci,Vittorio Limongelli, Angela Zampella, Simona De Marino
Pubblicato in: Molecules, 2023, ISSN 1420-3049
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/molecules28062840

Uracil/H+ Symport by FurE Refines Aspects of the Rocking-bundle Mechanism of APC-type Transporters

Autori: Iliana Zantza, Yiannis Pyrris, Stefano Raniolo, Georgia F. Papadaki, George Lambrinidis, Vittorio Limongelli, George Diallinas, Emmanuel Mikros
Pubblicato in: Journal of Molecular Biology, 2023, ISSN 0022-2836
Editore: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2023.168226

Structural Basis for Developing Multitarget Compounds Acting on Cysteinyl Leukotriene Receptor 1 and G-Protein-Coupled Bile Acid Receptor 1

Autori: Bianca Fiorillo; Valentina Sepe; Paolo Conflitti; Rosalinda Roselli; Michele Biagioli; Silvia Marchianò; Pasquale De Luca; Giuliana Baronissi; Pasquale Rapacciuolo; Chiara Cassiano; Bruno Catalanotti; Angela Zampella; Vittorio Limongelli; Vittorio Limongelli; Stefano Fiorucci
Pubblicato in: JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, Numero 1, 2021, ISSN 0022-2623
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.1c01078

Discovery of a Novel Class of Dual GPBAR1 Agonists–RORγt Inverse Agonists for the Treatment of IL-17-Mediated Disorders

Autori: Bianca Fiorillo; Rosalinda Roselli; Claudia Finamore; Michele Biagioli; Cristina di Giorgio; Martina Bordoni; Paolo Conflitti; Silvia Marchianò; Rachele Bellini; Pasquale Rapacciuolo; Chiara Cassiano; Vittorio Limongelli; Valentina Sepe; Bruno Catalanotti; Stefano Fiorucci; Angela Zampella
Pubblicato in: ACS Omega, Numero 1, 2023, ISSN 2470-1343
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsomega.2c07907

Transferring chemical and energetic knowledge between molecular systems with machine learning

Autori: Sajjad Heydari, Stefano Raniolo, Lorenzo Livi, Vittorio Limongelli
Pubblicato in: Communications Chemistry, 2023, ISSN 2399-3669
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s42004-022-00790-5

Improving Small-Molecule Force Field Parameters in Ligand Binding Studies

Autori: Stefano Raniolo, Vittorio Limongelli
Pubblicato in: Frontiers in Molecular Biosciences, 2021, ISSN 2296-889X
Editore: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fmolb.2021.760283

Phosphorylation of FAM134C by CK2 controls starvation-induced ER-phagy

Autori: GIORGIA DI LORENZO, FRANCESCOPAOLO IAVARONE, MARIANNA MADDALUNO, ANA BELÉN PLATA-GÓMEZ, SIMONE AURELI, CAMILA PAZ QUEZADA MEZA, LAURA CINQUE, ALESSANDRO PALMA, ALESSIO REGGIO, CARMINE CIRILLO, FRANCESCA SACCO, ALEXANDRA STOLZ, GENNARO NAPOLITANO, ORIANO MARIN, LORENZO A. PINNA, MARIA RUZZENE, VITTORIO LIMONGELLI, ALEJO EFEYAN, PAOLO GRUMATI, CARMINE SETTEMBRE
Pubblicato in: SCIENCE ADVANCES, 2022, ISSN 2375-2548
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abo1215

Discovery of Bile Acid Derivatives as Potent ACE2 Activators by Virtual Screening and Essential Dynamics

Autori: Bianca Fiorillo; Silvia Marchianò; Federica Moraca; Valentina Sepe; Adriana Carino; Pasquale Rapacciuolo; Michele Biagioli; Vittorio Limongelli; Angela Zampella; Bruno Catalanotti; Stefano Fiorucci
Pubblicato in: Journal of Chemical Information and Modeling, Numero 1, 2021, ISSN 1549-960X
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.1c01126

Perspectives on Ligand/Protein Binding Kinetics Simulations: Force Fields, Machine Learning, Sampling, and User-Friendliness

Autori: Paolo Conflitti, Stefano Raniolo, Vittorio Limongelli
Pubblicato in: Journal of Chemical Theory and Computation, 2023, ISSN 1549-9618
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00641

Discovery of a Potent and Orally Active Dual GPBAR1/CysLT1R Modulator for the Treatment of Metabolic Fatty Liver Disease

Autori: Stefano Fiorucci, Pasquale Rapacciuolo, Bianca Fiorillo, Rosalinda Roselli, Silvia Marchianò, Cristina Di Giorgio, Martina Bordoni, Rachele Bellini, Chiara Cassiano, Paolo Conflitti, Bruno Catalanotti, Vittorio Limongelli, Valentina Sepe, Michele Biagioli, Angela Zampella
Pubblicato in: Frontiers in Pharmacology, 2022, ISSN 1663-9812
Editore: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fphar.2022.858137

Structural basis of dimerization of chemokine receptors CCR5 and CXCR4

Autori: Daniele di Marino, Paolo Conflitti, Stefano Motta, Vittorio Limongelli
Pubblicato in: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42082-z

Conformational plasticity and allosteric communication networks explain Shelterin protein TPP1 binding to human telomerase

Autori: Simone Aureli, Vince Bart Cardenas, Stefano Raniolo, Vittorio Limongelli
Pubblicato in: Communications Chemistry, Numero 1, 2023, ISSN 2399-3669
Editore: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s42004-023-01040-y

Other (1)

HEroBM: a deep equivariant graph neural network for universal backmapping from coarse-grained to all-atom representations

Autori: Daniele Angioletti, Stefano Raniolo, Vittorio Limongelli
Pubblicato in: arXiv, 2024
Editore: Cornell Tech
DOI: 10.48550/arxiv.2404.16911

Non-peer reviewed articles (1)

Minute-timescale free-energy calculations reveal a pseudo-active state in the adenosine A2A receptor activation mechanism

Autori: Vincenzo Maria D’Amore, Paolo Conflitti, Luciana Marinelli, Vittorio Limongelli
Pubblicato in: Chem, 2024, ISSN 2451-9308
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chempr.2024.08.004