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CORDIS - Résultats de la recherche de l’UE
CORDIS

Rapid interaction profiling of 2019-nCoV for network-based deep drug-repurpose learning (DDRL)

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Co-complex CoHIN (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

complex binary interactome: high-quality protein complex interaction for 2019- nCoV and selected other coronaviral proteins with human host proteins

Integrated human CoHIN (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Task 4.1: network integration and pathway identification Integrate the experimental and computation network data with human reference interactome network data. Subsequently identify pathway enrichment and other statistics to obtain leads about additional perturbations by 2019-nCoVTask 4.2: topological and network module identification – perform graph theoretical and network analyses to determine the network communities, topological features and other characteristics of virally targeted host proteins

Predicted PPI/PRI CoHIN (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

validation data for all experimental interactome datasets

Validated experimtl. CoHIN (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Deliverable-1-4, validation data for all experimental interactome datasets

Experiment. Validated pred. CoHIN (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Deliverable-2-3, experimentally validated predicted protein-protein coronavirus-host interactome

Primary binary CoHIN (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Deliverable-1-1, primary binary interactome: high-quality primary interaction for all coronaviral proteins with human host proteins

Allele risk association (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Deliverable-3-3, human and viral variants increasing or decreasing disease severity risk

Allele Interaction Matrix (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Deliverable-3-2, virus-host protein variant interaction matrix

mimicINT webserver (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

MimicINT computational pipeline - webserver integration

ß-CoV ORFeome (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Deliverable-1-2, -CoV ORFeome, ORF reagents for functional experiments by other researchers that require protein expression

Variant ORFs (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Deliverable41 fully integrated fully validated coronavirushuman interactome network map

Initial Drug Validation (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Deliverable61 test results for at least 10 topranked predicted already approved drugs

Novel small molecules evaluation (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Deliverable-6-2, test results for at least 10 top-ranked novel small molecules

Data Sharing Plan (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Data Sharing Plan All data relevant combating the current health emergency will be communicated to the commission and policy makers as soon as available.

Update of DPM (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

First data release and update to DPM

Publications

Bioactivity Profile Similarities to Expand the Repertoire of COVID-19 Drugs (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Miquel Duran-Frigola, Martino Bertoni, Roi Blanco, Víctor Martínez, Eduardo Pauls, Víctor Alcalde, Gemma Turon, Núria Villegas, Adrià Fernández-Torras, Carles Pons, Lídia Mateo, Oriol Guitart-Pla, Pau Badia-i-Mompel, Aleix Gimeno, Nicolas Soler, Isabelle Brun-Heath, Hugo Zaragoza, Patrick Aloy
Publié dans: Journal of Chemical Information and Modeling, Numéro 60/12, 2020, Page(s) 5730-5734, ISSN 1549-9596
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.0c00420

A resource of human coronavirus protein-coding sequences in a flexible, multipurpose Gateway Entry clone collection (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Benjamin Weller 1 , Chung-Wen Lin 1 , Oxana Pogoutse 2 3 4 5 , Mayra Sauer 1 , Nora Marin-de la Rosa 1 , Alexandra Strobel 1 , Veronika Young 1 , Jennifer J Knapp 2 3 4 5 , Ashyad Rayhan 2 3 4 5 , Claudia Falter 1 , Dae-Kyum Kim 2 3 4 5 6 , Frederick P Roth 2 3 4 5 7 , Pascal Falter-Braun 1 8
Publié dans: G3 - Genes, Genomes, Genetics, 2023, ISSN 2160-1836
Éditeur: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkad105

A Community Challenge for Pancancer Drug Mechanism of Action Inference from Perturbational Profile Data (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Douglass, Eugene F.; Allaway, Robert J.; Szalai, Bence; Wang, Wenyu; Tian, Tingzhong; Fernández-Torras, Adrià; Realubit, Ron; Karan, Charles; Zheng, Shuyu; Pessia, Alberto; Tanoli, Ziaurrehman; Jafari, Mohieddin; Wan, Fangping; Li, Shuya; Xiong, Yuanpeng; Duran-Frigola, Miquel; Bertoni, Martino; Badia-i-Mompel, Pau; Mateo, Lídia; Guitart-Pla, Oriol; Chung, Verena; Tang, Jing; Zeng, Jianyang; Al
Publié dans: Cell Reports Medicine, Numéro 7, 2022, ISSN 2666-3791
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xcrm.2021.100492

The intricacy of the viral-human protein interaction networks: resources, data and analyses (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Saha D, Iannuccielli M, Brun C, Zanzoni A, Licata L
Publié dans: Frontiers in Microbiology, 2022, ISSN 1664-302X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2022.849781

Long-COVID-19: the persisting imprint of SARS-CoV-2 infections on the innate immune system (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Marianne Boes 1 , Pascal Falter-Braun 2 3
Publié dans: Signal Transduction and Targeted Therapy, 2023, ISSN 2059-3635
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41392-023-01717-9

Bioactivity descriptors for uncharacterized compounds (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Martino Bertoni; Miquel Duran-Frigola; Pau Badia-i-Mompel; Eduardo Pauls; Modesto Orozco-Ruiz; Oriol Guitart-Pla; Víctor Alcalde; Víctor M. Díaz; Antoni Berenguer-Llergo; Antonio García de Herreros; Patrick Aloy
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12, 2021, Page(s) 3932, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2020.07.21.214197

BQsupports: systematic assessment of the support and novelty of new biomedical associations. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Adrià Fernández-Torras, Martina Locatelli, Martino Bertoni, Patrick Aloy
Publié dans: Bioinformatics, Numéro Volume 39, Numéro 9, September 2023, 2023, ISSN 1367-4811
Éditeur: Oxford Univeristy Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad581

Integrating and formatting biomedical data as pre-calculated knowledge graph embeddings in the Bioteque (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Adrià Fernández-Torras; Miquel Duran-Frigola; Martino Bertoni; Martina Locatelli; Patrick Aloy
Publié dans: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-33026-0

Connecting chemistry and biology through molecular descriptors. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Adrià Fernández-Torras; Arnau Comajuncosa-Creus; Miquel Duran-Frigola; Patrick Aloy
Publié dans: Current Opinion in Chemical Biology, Numéro 1, 2022, ISSN 1367-5931
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cbpa.2021.09.001

A proteome-scale map of the SARS-CoV-2–human contactome (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Dae-Kyum Kim, Benjamin Weller, Chung-Wen Lin, Dayag Sheykhkarimli, Jennifer J. Knapp, Guillaume Dugied, Andreas Zanzoni, Carles Pons, Marie J. Tofaute, Sibusiso B. Maseko, Kerstin Spirohn, Florent Laval, Luke Lambourne, Nishka Kishore, Ashyad Rayhan, Mayra Sauer, Veronika Young, Hridi Halder, Nora Marín-de la Rosa, Oxana Pogoutse, Alexandra Strobel, Patrick Schwehn, Roujia Li, Simin T. Rothballer
Publié dans: Nature Biotechnology, 2023, ISSN 1546-1696
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41587-022-01475-z

Probing SARS-CoV-2 RNA interactome to unravel post-transcriptional dysregulation associated with COVID-19

Auteurs: Saha D, Ribeiro D, Zanzoni A, Brun C.
Publié dans: Proceeding of JOBIM'22 (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Numéro Yearly, 2022
Éditeur: SFBI (Société Française de Bioinformatique)

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