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CORDIS - Risultati della ricerca dell’UE
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Rapid interaction profiling of 2019-nCoV for network-based deep drug-repurpose learning (DDRL)

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

Co-complex CoHIN (si apre in una nuova finestra)

complex binary interactome: high-quality protein complex interaction for 2019- nCoV and selected other coronaviral proteins with human host proteins

Integrated human CoHIN (si apre in una nuova finestra)

Task 4.1: network integration and pathway identification Integrate the experimental and computation network data with human reference interactome network data. Subsequently identify pathway enrichment and other statistics to obtain leads about additional perturbations by 2019-nCoVTask 4.2: topological and network module identification – perform graph theoretical and network analyses to determine the network communities, topological features and other characteristics of virally targeted host proteins

Predicted PPI/PRI CoHIN (si apre in una nuova finestra)

validation data for all experimental interactome datasets

Validated experimtl. CoHIN (si apre in una nuova finestra)

Deliverable-1-4, validation data for all experimental interactome datasets

Experiment. Validated pred. CoHIN (si apre in una nuova finestra)

Deliverable-2-3, experimentally validated predicted protein-protein coronavirus-host interactome

Primary binary CoHIN (si apre in una nuova finestra)

Deliverable-1-1, primary binary interactome: high-quality primary interaction for all coronaviral proteins with human host proteins

Allele risk association (si apre in una nuova finestra)

Deliverable-3-3, human and viral variants increasing or decreasing disease severity risk

Allele Interaction Matrix (si apre in una nuova finestra)

Deliverable-3-2, virus-host protein variant interaction matrix

mimicINT webserver (si apre in una nuova finestra)

MimicINT computational pipeline - webserver integration

ß-CoV ORFeome (si apre in una nuova finestra)

Deliverable-1-2, -CoV ORFeome, ORF reagents for functional experiments by other researchers that require protein expression

Variant ORFs (si apre in una nuova finestra)

Deliverable41 fully integrated fully validated coronavirushuman interactome network map

Initial Drug Validation (si apre in una nuova finestra)

Deliverable61 test results for at least 10 topranked predicted already approved drugs

Novel small molecules evaluation (si apre in una nuova finestra)

Deliverable-6-2, test results for at least 10 top-ranked novel small molecules

Data Sharing Plan (si apre in una nuova finestra)

Data Sharing Plan All data relevant combating the current health emergency will be communicated to the commission and policy makers as soon as available.

Update of DPM (si apre in una nuova finestra)

First data release and update to DPM

Pubblicazioni

Bioactivity Profile Similarities to Expand the Repertoire of COVID-19 Drugs (si apre in una nuova finestra)

Autori: Miquel Duran-Frigola, Martino Bertoni, Roi Blanco, Víctor Martínez, Eduardo Pauls, Víctor Alcalde, Gemma Turon, Núria Villegas, Adrià Fernández-Torras, Carles Pons, Lídia Mateo, Oriol Guitart-Pla, Pau Badia-i-Mompel, Aleix Gimeno, Nicolas Soler, Isabelle Brun-Heath, Hugo Zaragoza, Patrick Aloy
Pubblicato in: Journal of Chemical Information and Modeling, Numero 60/12, 2020, Pagina/e 5730-5734, ISSN 1549-9596
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.0c00420

A resource of human coronavirus protein-coding sequences in a flexible, multipurpose Gateway Entry clone collection (si apre in una nuova finestra)

Autori: Benjamin Weller 1 , Chung-Wen Lin 1 , Oxana Pogoutse 2 3 4 5 , Mayra Sauer 1 , Nora Marin-de la Rosa 1 , Alexandra Strobel 1 , Veronika Young 1 , Jennifer J Knapp 2 3 4 5 , Ashyad Rayhan 2 3 4 5 , Claudia Falter 1 , Dae-Kyum Kim 2 3 4 5 6 , Frederick P Roth 2 3 4 5 7 , Pascal Falter-Braun 1 8
Pubblicato in: G3 - Genes, Genomes, Genetics, 2023, ISSN 2160-1836
Editore: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkad105

A Community Challenge for Pancancer Drug Mechanism of Action Inference from Perturbational Profile Data (si apre in una nuova finestra)

Autori: Douglass, Eugene F.; Allaway, Robert J.; Szalai, Bence; Wang, Wenyu; Tian, Tingzhong; Fernández-Torras, Adrià; Realubit, Ron; Karan, Charles; Zheng, Shuyu; Pessia, Alberto; Tanoli, Ziaurrehman; Jafari, Mohieddin; Wan, Fangping; Li, Shuya; Xiong, Yuanpeng; Duran-Frigola, Miquel; Bertoni, Martino; Badia-i-Mompel, Pau; Mateo, Lídia; Guitart-Pla, Oriol; Chung, Verena; Tang, Jing; Zeng, Jianyang; Al
Pubblicato in: Cell Reports Medicine, Numero 7, 2022, ISSN 2666-3791
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xcrm.2021.100492

The intricacy of the viral-human protein interaction networks: resources, data and analyses (si apre in una nuova finestra)

Autori: Saha D, Iannuccielli M, Brun C, Zanzoni A, Licata L
Pubblicato in: Frontiers in Microbiology, 2022, ISSN 1664-302X
Editore: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2022.849781

Long-COVID-19: the persisting imprint of SARS-CoV-2 infections on the innate immune system (si apre in una nuova finestra)

Autori: Marianne Boes 1 , Pascal Falter-Braun 2 3
Pubblicato in: Signal Transduction and Targeted Therapy, 2023, ISSN 2059-3635
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41392-023-01717-9

Bioactivity descriptors for uncharacterized compounds (si apre in una nuova finestra)

Autori: Martino Bertoni; Miquel Duran-Frigola; Pau Badia-i-Mompel; Eduardo Pauls; Modesto Orozco-Ruiz; Oriol Guitart-Pla; Víctor Alcalde; Víctor M. Díaz; Antoni Berenguer-Llergo; Antonio García de Herreros; Patrick Aloy
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 12, 2021, Pagina/e 3932, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2020.07.21.214197

BQsupports: systematic assessment of the support and novelty of new biomedical associations. (si apre in una nuova finestra)

Autori: Adrià Fernández-Torras, Martina Locatelli, Martino Bertoni, Patrick Aloy
Pubblicato in: Bioinformatics, Numero Volume 39, Numero 9, September 2023, 2023, ISSN 1367-4811
Editore: Oxford Univeristy Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad581

Integrating and formatting biomedical data as pre-calculated knowledge graph embeddings in the Bioteque (si apre in una nuova finestra)

Autori: Adrià Fernández-Torras; Miquel Duran-Frigola; Martino Bertoni; Martina Locatelli; Patrick Aloy
Pubblicato in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-33026-0

Connecting chemistry and biology through molecular descriptors. (si apre in una nuova finestra)

Autori: Adrià Fernández-Torras; Arnau Comajuncosa-Creus; Miquel Duran-Frigola; Patrick Aloy
Pubblicato in: Current Opinion in Chemical Biology, Numero 1, 2022, ISSN 1367-5931
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cbpa.2021.09.001

A proteome-scale map of the SARS-CoV-2–human contactome (si apre in una nuova finestra)

Autori: Dae-Kyum Kim, Benjamin Weller, Chung-Wen Lin, Dayag Sheykhkarimli, Jennifer J. Knapp, Guillaume Dugied, Andreas Zanzoni, Carles Pons, Marie J. Tofaute, Sibusiso B. Maseko, Kerstin Spirohn, Florent Laval, Luke Lambourne, Nishka Kishore, Ashyad Rayhan, Mayra Sauer, Veronika Young, Hridi Halder, Nora Marín-de la Rosa, Oxana Pogoutse, Alexandra Strobel, Patrick Schwehn, Roujia Li, Simin T. Rothballer
Pubblicato in: Nature Biotechnology, 2023, ISSN 1546-1696
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41587-022-01475-z

Probing SARS-CoV-2 RNA interactome to unravel post-transcriptional dysregulation associated with COVID-19

Autori: Saha D, Ribeiro D, Zanzoni A, Brun C.
Pubblicato in: Proceeding of JOBIM'22 (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Numero Yearly, 2022
Editore: SFBI (Société Française de Bioinformatique)

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