Mechanism, regulation and functions of genome folding through loop extrusion by cohesin-NIPBL

Información del proyecto

LoopMechRegFun

Identificador del acuerdo de subvención: 101020558

DOI

10.3030/101020558

Fecha de la firma de la CE 13 Junio 2021

Fecha de inicio 1 Octubre 2021

Fecha de finalización 30 Septiembre 2026

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 679 465,00

Aportación de la UE

€ 1 679 465,00

Coordinado por

FORSCHUNGSINSTITUT FUR MOLEKULARE PATHOLOGIE GESELLSCHAFT MBH
Austria

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Publicaciones

Non-peer reviewed articles (5)

Cohesin supercoils DNA during loop extrusion

Autores: 13. Davidson, I.F., Barth, R., Horn, S., Janissen, R., Nagasaka, K., Wutz, G., Stocsits, R., Bauer, B., Dekker, C. and Peters, J.-M.
Publicado en: bioRxiv, Edición 2024.03.22.586228, 2024, ISSN 2692-8205
Editor: Cold Spring Harbor Laboratories
DOI: 10.1101/2024.03.22.586228

SMC motor proteins extrude DNA asymmetrically and contain a direction switch.

Autores: 12. Barth, R., Davidson, I.F., van der Torre, J., Taschner, M., Gruber, S., Peters, J.-M. and Dekker, C.
Publicado en: bioRxiv, Edición 2023.12.21.572892, 2023, ISSN 2692-8205
Editor: Cold Spring Harbor Laboratories
DOI: 10.1101/2023.12.21.572892

All eukaryotic SMC proteins induce a twist of -0.6 at each DNA-loop-extrusion step

Autores: Janissen, R., Barth, R., Davidson, I.F., Taschner, M., Gruber, S., Peters, J.-M. and Dekker, C.
Publicado en: bioRxiv, Edición 2024.03.22.586328, 2024, ISSN 2692-8205
Editor: Cold Spring Harbor Laboratories
DOI: 10.1101/2024.03.22.586328

NIPBL and STAG1 enable loop extrusion by providing differential DNA-cohesin affinity

Autores: van Wee, R., Asor, R., Li, Y., Drechsel, D., Popova, M., Litos, G., Davidson, I.F., Peters, J.-M. and Kukura, P.
Publicado en: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.10.22.619583

Nanoscale 3D DNA tracing in single human cells visualizes loop extrusion directly in situ

Autores: Beckwith, K.S., 1, Ødegård-Fougner, Ø., Morero, N.R., Barton, C., Schueder, F., Tang, W., Alexander, S., Peters, J.-M., Jungmann, R., Birney, E. and Ellenberg J.
Publicado en: bioRxiv, Edición 2021.04.12.439407, 2023, ISSN 2692-8205
Editor: Cold Spring Harbor Laboratories
DOI: 10.1101/2021.04.12.439407

Peer reviewed articles (11)

Transcription shapes 3D chromatin organization by interacting with loop-extruding cohesin complexes

Autores: "Banigan, E.J., Tang, W., van den Berg, A.A., Stocsits, R.R., Wutz, G., Brandão, H.B., Busslinger, G.A., Peters#, J.-M. and Mirny#, L.A."
Publicado en: Proc Natl Acad Sci U S A, Edición 120(11):e2210480120, 2023, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2210480120

Sororin is an evolutionary conserved antagonist of WAPL

Autores: "Prusen Mota, I., Galova, M., Schleiffer, A., Nguyen, T.-T., Kovacikova, I., Farias Saad, C., Litos, G., Nishiyama, T., Gregan#, J., Peters#, J.-M. and Schlögelhofer#, P."
Publicado en: Nature Communications, Edición 15, 4729, 2023, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-49178-0

Cohesin mediates DNA loop extrusion and sister chromatid cohesion by distinct mechanisms

Autores: 8. Nagasaka, K., Davidson, I.F., Stocsits, R., Tang, W., Wutz, G., Betty, P., Panarotto, M., Litos, G., Schleiffer, A., Gerlich, D. and Peters, J.-M.
Publicado en: Mol Cell., Edición 2023 Sep 7;83(17):3049-3063.e6, 2023, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.07.024

Single cohesin molecules generate force by two distinct mechanisms

Autores: Pobegalov, G., Chu, L.-Y., Peters, J.-M. and Maxim Molodtsov
Publicado en: Nat. Comm., Edición Jul 4;14(1):3946, 2023, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-39696-8

CTCF is a DNA-tension-dependent barrier to cohesin-mediated loop extrusion

Autores: Iain F. Davidson; Roman Barth; Maciej Zaczek; Jaco van der Torre; Wen Tang; Kota Nagasaka; Richard Janissen; Jacob Kerssemakers; Gordana Wutz; Cees Dekker; Jan-Michael Peters
Publicado en: Nature, Edición 616, 2023, Página(s) 822-827, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-05961-5

Cohesin and CTCF do not assemble TADs in Xenopus sperm and male pronuclei

Autores: Jessberger, G., Várnai, C., Stocsits, R.R., Tang, W., Stary, G. and Peters, J.-M.
Publicado en: Genome Research, Edición 33, 2023, Página(s) 2094-107, ISSN 1088-9051
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.277865.123

Testing pseudotopological and nontopological models for SMC-driven DNA loop extrusion against roadblock-traversal experiments

Autores: Barth, R.,Pradhan, B., Kim, E., Davidson, I.F., van der Torre, J., Peters, J.-M. and Cees Dekker
Publicado en: Sci Rep., Edición May 19;13(1):8100, 2023, ISSN 2045-2322
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-35359-2

Cornelia de Lange Syndrome mutations in NIPBL can impair cohesin-mediated DNA loop extrusion

Autores: Panarotto, M., Davidson, I.F., Schleiffer, A. and Peters, J.-M.
Publicado en: Proc Natl Acad Sci U S A, Edición 119(18):e2201029119, 2022, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2201029119

MCM complexes are barriers that restrict cohesin-mediated loop extrusion.

Autores: Dequeker, B.J.H., Scherr, M.J., Brandão, H.B., Gassler, J., Powell, S., Gaspar, I., Flyamer, I.M., Lalic A, Tang, W., Stocsits, R., Davidson, I.F., Peters, J.-M., Duderstadt, K.E., Mirny, L.A. and Tachibana, K.
Publicado en: Nature, Edición 606, 2022, Página(s) 197-203, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-04730-0

Igh and Igk loci use different folding principles for V gene recombination due to distinct chromosomal architectures of pro-B and pre-B cells

Autores: Hill, L., Wutz, G., Jaritz, M., Tagoh, H., Calderón, L., Peters, J.-M., Goloborodko, A. and Busslinger, M
Publicado en: Nat Commun., Edición 2023 Apr 21;14(1):2316., 2023, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-37994-9

How do molecular motors fold the genome?

Autores: Dekker, C, Haering, C.H., Peters, J.-M. and Rowland, B.D.
Publicado en: Science, Edición 382, 2023, Página(s) 646-648, ISSN 0036-8075
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adi8308