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Mechanism, regulation and functions of genome folding through loop extrusion by cohesin-NIPBL

Descripción del proyecto

El plegamiento del ADN cromosómico por extrusión del complejo proteico de la cohesina

Hace 150 años se descubrió la existencia del ADN, pero aún se desconoce cómo se pliega el ADN en los cromosomas. Una hipótesis plantea que se logra mediante un proceso denominado «extrusión de bucles», por el que las enzimas que catalizan la descomposición del trifosfato de adenosina (ATPasas), formada por múltiples subunidades, enrollan el ADN genómico en bucles, acercando locus distantes. Un descubrimiento reciente proporcionó la primera prueba directa de que la cohesina, un complejo proteico con múltiples subunidades asociado al cromosoma, extruye rápidamente el ADN en bucles. El objetivo del proyecto LoopMechRegFun, financiado con fondos europeos, es emplear un ensayo de extrusión de bucles de molécula única para determinar los mecanismos de la extrusión de bucles por la cohesina y cómo se lleva a cabo este proceso en células vivas. Los resultados del proyecto proporcionarán conocimientos sobre la arquitectura genómica y los mecanismos de regulación y recombinación genética.

Objetivo

Since its discovery 150 years ago, DNA has been intensely studied. As a result, it is understood in some detail how genomic DNA is replicated, repaired and segregated, and entire genomes can be sequenced. However, how DNA is folded in chromosomes has remained a mystery. It has been proposed that this is achieved by a process called loop extrusion. This hypothesis proposes that SMC complexes, multi-subunit ATPases present in all kingdoms of life, reel genomic DNA into loops, thus bringing distant loci into proximity. This process is thought to have important structural and regulatory functions, such as the separation of bacterial genomes and the folding of eukaryotic DNA into loops and topologically associating domains (TADs), facilitating sister chromatid resolution, gene regulation and immunoglobulin gene recombination. We discovered recently that in vitro single molecules of the SMC complex cohesin bound to NIPBL (cohesin-NIPBL) indeed rapidly extrude DNA into loops at up to 2.1 kb/s. These results provided the first direct evidence for the hypothesis that cohesin generates chromatin loops and TADs by extrusion. However, the most fundamental questions relating to this process remain unanswered: What is the mechanism of loop extrusion? How is this process controlled? How does cohesin extrude chromatin fibers in cells, and how does this contribute to the processes mentioned above and to other functions? We are proposing to use our single-molecule loop extrusion assay and other techniques to address these questions. Answering these will be essential for understanding genome architecture and regulation, will provide insights into mechanisms of gene regulation and recombination, will reveal how SMC complexes function as molecular ‘motors’, and may provide insight into the etiology of human disorders caused by malfunctioning of cohesin and NIPBL, such as several widespread cancers, rare congenital ‘cohesinopathies’, and trisomies and spontaneous human abortions.

Ámbito científico (EuroSciVoc)

CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..

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Palabras clave

Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).

Programa(s)

Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.

Tema(s)

Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.

Régimen de financiación

Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.

ERC-ADG - Advanced Grant

Ver todos los proyectos financiados en el marco de este régimen de financiación

Convocatoria de propuestas

Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.

(se abrirá en una nueva ventana) ERC-2020-ADG

Ver todos los proyectos financiados en el marco de esta convocatoria

Institución de acogida

FORSCHUNGSINSTITUT FUR MOLEKULARE PATHOLOGIE GESELLSCHAFT MBH
Aportación neta de la UEn

Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.

€ 1 679 465,00
Dirección
CAMPUS-VIENNA-BIOCENTER 1
1030 Wien
Austria

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Región
Ostösterreich Wien Wien
Tipo de actividad
Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
Enlaces
Coste total

Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.

€ 1 679 465,00

Beneficiarios (1)

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