Accurate phylogenetic tree reconstruction using rate-heterogeneous birth-death models

Información del proyecto

PHYLOBD

Identificador del acuerdo de subvención: 101022928

DOI

10.3030/101022928

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 13 Marzo 2021

Fecha de inicio 1 Noviembre 2021

Fecha de finalización 31 Octubre 2023

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coste total

€ 184 707,84

Aportación de la UE

€ 184 707,84

Coordinado por

ECOLE NORMALE SUPERIEURE
France

Descripción del proyecto

Mejora de la reconstrucción de árboles filogenéticos

Un árbol filogenético muestra las relaciones evolutivas entre individuos y poblaciones o especies en su conjunto. Estas representaciones tienen múltiples aplicaciones, desde el estudio de la dinámica de una epidemia hasta el análisis de la dinámica de especiación y extinción de grupos de especies. En el proyecto PHYLOBD, financiado con fondos europeos, se abordará la reconstrucción de árboles filogenéticos a partir de datos de secuencias, un proceso que requiere especificar un «árbol de partida» como modelo que represente una idea previa sobre la dinámica evolutiva. Con todo, los árboles de partida empleados actualmente son muy simples y, a menudo, incoherentes con el modelo utilizado posteriormente para inferir la dinámica evolutiva. El equipo del proyecto mejorará la inferencia filogenética bayesiana completa, al proporcionar aplicaciones eficientes de los árboles de partida y proporcionará las herramientas para una representación precisa de la probabilidad posterior bayesiana de tasa heterogénea.

Objetivo

"Phylogenetic trees represent the evolutionary relationships among individuals, populations, or species. These trees also contain information on the evolutionary dynamics in the underlying population, and can be used in a wide range of applications, from studying the dynamics of an epidemic to analyzing the speciation and extinction dynamics of groups of species.
Reconstructing phylogenetic trees from sequence data requires specifying a ""tree prior"", i.e. a model that represents a prior idea about the evolutionary dynamics. The adequacy of the tree prior influences the quality of the phylogenetic reconstruction, and consequently the quality of the inferred evolutionary dynamics. Unfortunately, the currently used priors are over-simplistic; in particular, they assume that evolutionary rates are constant in time and identical across lineages. These homogeneous tree priors are most often inconsistent with the model subsequently used to infer evolutionary dynamics, which is statistically problematic and likely to bias inferences. Several factors contribute to this issue: i) the computational challenges of carrying out ""full phylogenetic inferences"", that is analyses that co-estimate trees and dynamics, ii) the under-recognized influence of tree priors on phylogenetic reconstruction and subsequent analyses of evolutionary dynamics and iii) the lack of empirical guidance on the use and interpretation of rate-heterogeneous tree priors.
PHYLOBD will address this issue and significantly improve full Bayesian phylogenetic inference by: i) providing efficient implementations of tree priors that account for rate heterogeneity across lineages ii) evaluating the importance of using such tree priors iii) providing tools for an accurate representation of rate-heterogeneous Bayesian posteriors, and iv) providing efficient implementations of full Bayesian phylogenetic inference when data are sampled through time."

Ámbito científico (EuroSciVoc)

• ciencias naturales › ciencias biológicas › biología evolutiva

Palabras clave

• phylogenetics
• Bayesian inference
• tree priors
• birth-death processes
• lineage-specific rates

Programa(s)

• H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions PROGRAMA PRINCIPAL
  
• H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
  

Tema(s)

• MSCA-IF-2020 - Individual Fellowships
  

Régimen de financiación

MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)

Convocatoria de propuestas

H2020-MSCA-IF-2020

Coordinador

ECOLE NORMALE SUPERIEURE

• Aportación neta de la UEn: € 184 707,84
• Dirección: 45, RUE D'ULM ; 75230 Paris ; Francia
• Región: Ile-de-France › Ile-de-France › Paris
• Tipo de actividad: Higher or Secondary Education Establishments
• Coste total: € 184 707,84