Description du projet
Prédire la spécificité de liaison des lymphocytes T contre les antigènes cancéreux
Les lymphocytes T sont des cellules clés du système immunitaire qui reconnaissent les antigènes sur les cellules infectées et les tuent directement ou préparent d’autres cellules à déclencher une réponse immunitaire. Cependant, de nombreux aspects concernant les mécanismes de l’immunité à médiation par les lymphocytes T restent inconnus. Le projet MT-PoINT, financé par l’UE, cherchera à comprendre la spécificité de liaison des lymphocytes T. Les chercheurs analyseront les données de séquençage pour identifier des modèles prédictifs de l’interaction du récepteur des lymphocytes T avec un épitope antigénique donné. Les résultats amélioreront considérablement la conception et le développement d’immunothérapies personnalisées impliquant des lymphocytes T modifiés.
Objectif
T cells are a key element of the human immune system. Upon binding to antigenic peptides (called T cell epitopes), T cells can induce the death of infected cells or prime and regulate other immune cells. In cancer immunotherapy treatments, T cells are genetically re-engineered to recognize cancer epitopes and destroy malignant cells. Unfortunately, it still remains challenging to determine which T cells can target a specific epitope, both from a computational and experimental point of view. This limits mechanistic understanding of T-cell-mediated immunity and translational applications for disease treatments.
Thanks to advances in high-throughput sequencing technologies, sequence data of T cells coupled with their cognate epitopes are accumulating at an unprecedented pace, offering unique opportunities to develop data-driven T cell-epitope interaction predictors.
The goal of the MT-PoINT project (Motif in T cells for the Prediction of INTeractions) is to identify patterns in T cells sequences that underlie the binding specificity, interpret them at the structural level, and to develop sequence-based predictors of T cell-epitope interactions (Aim1) with a special focus on T cells targeting cancer epitopes (Aim2). My project will capitalize on a unique dataset of publicly available and in-house generated data that was not available in previous studies, and T cell sequence data from cancer patients of Lausanne University Hospital will allow me to benchmark the in-silico predictors in a clinically relevant setting.
Accurate predictions of TCR-epitope interactions can narrow down the list of T cell candidates for personalized cancer immunotherapies, and significantly accelerate cancer immunotherapy clinical developments.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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Mots‑clés
Programme(s)
Appel à propositions
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) H2020-MSCA-IF-2020
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MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinateur
1015 LAUSANNE
Suisse