Description du projet
Modélisation de la différenciation cellulaire
Les cellules déclenchent des processus complexes en réponse à de nombreux stimuli biochimiques, ce qui exige une coordination méticuleuse de l’expression des gènes. Les facteurs de transcription, les protéines associées et les gènes cibles jouent un rôle de premier plan dans la régulation de l’expression génique et, collectivement, ils forment un réseau de régulation des gènes. Le projet DesignerCells, financé par l’UE, propose d’élaborer une approche informatique visant à modéliser l’influence des combinaisons de facteurs de transcription sur le statut de différenciation d’une cellule. Les chercheurs combineront modélisation et expérimentation sur des cellules souches mésenchymateuses en vue de comprendre l’émergence des différentes lignées cellulaires. Le flux de travail ainsi généré peut potentiellement être appliqué à différents types de cellules.
Objectif
Gene regulation is one of the main drivers of a cell's fate and function, but current methods that infer genome-wide regulatory networks have problems with inferring causal and/or combinatorial interactions. Pooled single-cell screening technologies, such as those developed in the host lab, now provide a powerful alternative to regulatory network inference. However, as this technology matures, data analysis is now more and more becoming the rate-limiting step in inferring causal and combinatorial regulatory networks.
In this project, I will develop a combined computational and experimental workflow to infer regulatory networks. At the computational side, I will develop an algorithm that models how combinations of transcription factors affect a cell's state. The model will go beyond a ball-stick model, and investigate combinatorial logic, dosage effects, cell proliferation and cellular heterogeneity. The algorithm will also propose new combinations that may move a cell towards a fate of interest. Through multiple rounds of modelling and experimentation, I will iteratively improve our understanding of the causality and combinatorics of a regulatory network.
I will validate the workflow on mesenchymal stem cells (MSCs), a cell type for which some (combinations of) transcription factors that drive its differentiation are already known, but for which a combinatorial view across lineages is still missing. I will first start with easier well-studied systems, such as adipocyte differentiation, and later in the project move on to less-studied systems such as adipocyte progenitors.
By integrating experimental and computational techniques, the proposed project will provide a causal regulatory network across MSC lineages, and yield a framework to generate such a network in other systems. Moreover, the project will allow me to expand my computational skill set with emerging experimental techniques and management skills which will be invaluable for advancing my scientific career.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMME PRINCIPAL
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) H2020-MSCA-IF-2020
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
1015 LAUSANNE
Suisse
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.