Descripción del proyecto
Mapeo del proceso de desarrollo de «Platynereis dumerilii»
Todas las células de los organismos pluricelulares descienden del mismo cigoto totipotente y, durante el desarrollo, están destinadas a incurrir en un subconjunto de programas de expresión. La reducción gradual del potencial de diferenciación celular se conoce como paisaje epigenético de Waddington, o linaje de Waddington. Los programas celulares específicos de expresión génica están regidos por factores de transcripción y los genes efectores que dan lugar al fenotipo celular. El equipo del proyecto DeCoDe Platy, financiado por las Acciones Marie Skłodowska-Curie, se propone reconstruir el linaje de Waddington en el organismo modelo «Platynereis dumerilii» mediante el empleo de datos de secuenciación del ARN de célula única y de la accesibilidad a la cromatina para múltiples etapas del desarrollo. El objetivo es crear un mapa que relacione la expresión génica con la morfología y la localización subcelular en el cuerpo de este animal.
Objetivo
Cells in multicellular organisms show a huge diversity of shape, size, and function, yet are all descended from the same totipotent zygote. As development progresses, cells lose their ability to contribute to different fates, instead committing to a narrower subset of expression programs. This stepwise reduction of differentiation potential has been illustrated in Waddington’s epigenetic landscape (“Waddington lineage”). The specific gene expression programs of cell types are governed by Core Regulatory Complexes (CoRCs), where transcription factors cooperate to maintain their own expression and the effector genes that give rise to the cellular phenotype. Cell types exist as terminal or transitory states of the Waddington lineage, and it is yet unclear whether and to what extent transitory developmental and terminal cell types involve similar or distinct regulatory principles and effector modules.
I will reconstruct the Waddington lineage of Platynereis dumerilii, an indirectly developing marine invertebrate with a wealth of transitory developmental and terminal cell types. I will gather single-cell RNA-seq and chromatin accessibility data for multiple developmental stages and computationally identify putative cell types. I will map these onto locations in the animal body using the in-situ expression patterns of lineage and cell type markers, and exploit unique electron microscopy data to explore the connection between gene expression and subcellular morphology. After connecting successive stages computationally, I will validate the resulting Waddington lineage with functional experiments, disrupting the expression of effector genes in the terminal cell types with CRISPR/Cas9.
By combining gene expression, chromatin accessibility, cellular lineage information, functional genomics, spatial localization, and, uniquely, subcellular morphology, we will shed light on animal development and the regulatory mechanisms that govern cell types.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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- ciencias naturales ciencias biológicas biología celular comunicación celular
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMA PRINCIPAL
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
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(se abrirá en una nueva ventana) H2020-MSCA-IF-2020
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
69117 Heidelberg
Alemania
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.