Dissecting the role of sperm transcriptome dynamics in intergenerational inheritance through native RNA nanopore sequencing

Informations projet

EpiSperm

N° de convention de subvention: 101042103

DOI

10.3030/101042103

Date de signature de la CE 12 Juillet 2022

Date de début 1 Octobre 2022

Date de fin 30 Septembre 2027

Financé au titre de

• European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 499 428,00

Contribution de l’UE

€ 1 499 428,00

Coordonné par

FUNDACIO CENTRE DE REGULACIO GENOMICA
Spain

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Publications

Peer reviewed articles (10)

Comprehensive map of ribosomal 2-O-methylation and C/D box snoRNAs in <i>Drosophila melanogaster</i>

Auteurs: Athena Sklias; Sonia Cruciani; Virginie Marchand; Mariangela Spagnuolo; Guillaume Lavergne; Valrie Bourguignon; Alessandro Brambilla; Ren Dreos; StevenJ Marygold; EvaMaria Novoa; Yuri Motorin; Jean-Yves Roignant
Publié dans: Nucleic acids research, Numéro vol. 52, no. 6, pp. 2848-2864, 2024, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/nar/gkae139

Spectral libraries from nucleobases and deoxyribonucleosides facilitate the identification of ribonucleosides by nanoflow liquid chromatographytandem mass spectrometry

Auteurs: Guadalupe Espadas; Laia Llovera; Alexane Ollivier; Francesca Tuorto; Eva Maria Novoa; Eduard Sabid
Publié dans: Rapid Commun Mass Spectrom, 2024, ISSN 1097-0231
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/rcm.9759

Exploring the epitranscriptome by native RNA sequencing

Auteurs: Oguzhan Begik; John S. Mattick; Eva Maria Novoa
Publié dans: RNA, 2022, ISSN 1469-9001
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1261/rna.079404.122

The lncRNA Snhg11, a new candidate contributing to neurogenesis, plasticity, and memory deficits in Down syndrome

Auteurs: Cesar Sierra; Miguel Sabariego-Navarro; lvaro Fernndez-Blanco; Sonia Cruciani; Alfonsa Zamora-Moratalla; Eva Maria Novoa; Mara Dierssen
Publié dans: Mol Psychiatry, 2023, ISSN 1476-5578
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.21203/rs.3.rs-3184329/v1

Dynamic interplay between RPL3- and RPL3L-containing ribosomes modulates mitochondrial activity in the mammalian heart

Auteurs: Ivan Milenkovic, Helaine Graziele SantosVieira, Morghan C Lucas, Jorge Ruiz-Orera, Giannino Patone, Scott Kesteven, Jianxin Wu, Michael Feneley, Guadalupe Espadas, Eduard Sabid, Norbert Hbner, Sebastiaan vanHeesch, Mirko Vlkers, Eva Maria Novoa
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 51, 2023, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/nar/gkad121

Nature Communications

Auteurs: Belinda Baquero-Prez; Ivaylo D. Yonchev; Anna Delgado-Tejedor; Rebeca Medina; Mireia Puig-Torrents; Ian Sudbery; Oguzhan Begik; Stuart A. Wilson; Eva Maria Novoa; Juana Dez
Publié dans: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.10.13.561839

Long-read sequencing in the era of epigenomics and epitranscriptomics

Auteurs: Morghan C. Lucas, Eva Maria Novoa
Publié dans: Nature Methods, Numéro 20, 2023, ISSN 1548-7091
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41592-022-01724-8

Quantitative analysis of tRNA abundance and modifications by nanopore RNA sequencing

Auteurs: Morghan C. Lucas, Leszek P. Pryszcz, Rebeca Medina, Ivan Milenkovic, Noelia Camacho, Virginie Marchand, Yuri Motorin, Lluís Ribas de Pouplana, Eva Maria Novoa
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro 42, 2023, ISSN 1087-0156
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41587-023-01743-6

Elucidation of the Epitranscriptomic RNA Modification Landscape of Chikungunya Virus

Auteurs: Belinda Baquero-Prez, Enrico Bortoletto, Umberto Rosani, Anna Delgado-Tejedor, Rebeca Medina, Eva Maria Novoa, Paola Venier, Juana Dez
Publié dans: Viruses, Numéro 16, 2024, ISSN 1999-4915
Éditeur: MDPI AG
DOI: 10.3390/v16060945

Nature Methods

Auteurs: Oguzhan Begik, Gregor Diensthuber, Huanle Liu, Anna Delgado-Tejedor, Cassandra Kontur, Adnan Muhammad Niazi, Eivind Valen, Antonio J. Giraldez, Jean-Denis Beaudoin, John S. Mattick, Eva Maria Novoa
Publié dans: Nature Methods, Numéro 20, 2023, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-022-01714-w

Other (6)

De novo basecalling of m6A modifications at single molecule and single nucleotide resolution

Auteurs: Sonia Cruciani, Anna Delgado-Tejedor, Leszek P. Pryszcz, Rebeca Medina, Laia Llovera, Eva Maria Novoa
Publié dans: bioRxiv, 2023
Éditeur: Cold Spring Harbour

SeqTagger, a rapid and accurate tool to demultiplex direct RNA nanopore sequencing datasets

Auteurs: Leszek P Pryszcz, Gregor Diensthuber, Laia Llovera, Rebeca Medina, Anna Delgado-Tejedor, Luca Cozzuto, Julia Ponomarenko, Eva Maria Novoa
Publié dans: 2024
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.10.29.620808

Epitranscriptomic rRNA fingerprinting reveals tissue-of-origin and tumor-specific signatures

Auteurs: Ivan Milenkovic, Sonia Cruciani, Laia Llovera, Morghan C Lucas, Rebeca Medina, Cornelius Pauli, Daniel Heid, Thomas Muley, Marc A. Schneider, Laura V. Klotz, Michael Allguer, Ruben Lattuca, Denis LJ LaFontaine, Carsten Mller-Tidow, Eva Maria Novoa
Publié dans: 2024
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.10.03.616461

Enhanced detection of RNA modifications and mappability with high-accuracy nanopore RNA basecalling models

Auteurs: Gregor Diensthuber, Leszek Pryszcz, Laia Llovera, Morghan C Lucas, Anna Delgado-Tejedor, Sonia Cruciani, Jean-Yves Roignant, Oguzhan Begik, Eva Maria Novoa
Publié dans: 2023
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.11.28.568965

Native RNA nanopore sequencing reveals antibiotic-induced loss of rRNA modifications in the A- and P-sites

Auteurs: Anna Delgado-Tejedor; Rebeca Medina; Oguzhan Begik; Luca Cozzuto; Julia Ponomarenko; Eva Maria Novoa
Publié dans: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.03.21.533606

Nanopore Direct RNA Sequencing Data Processing and Analysis Using MasterOfPores

Auteurs: Luca Cozzuto, Anna Delgado-Tejedor, Toni Hermoso Pulido, Eva Maria Novoa, Julia Ponomarenko
Publié dans: Methods in Molecular Biology, Computational Epigenomics and Epitranscriptomics, 2023
Éditeur: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-2962-8_13