Evolutionary Cellular Computing for Environmental Synthetic Biology

Informations projet

ECCO

N° de convention de subvention: 101044360

DOI

10.3030/101044360

Date de signature de la CE 21 Avril 2022

Date de début 1 Octobre 2022

Date de fin 30 Septembre 2027

Financé au titre de

• European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 131 809,00

Contribution de l’UE

€ 2 131 809,00

Coordonné par

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS
Spain

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Publications

Peer reviewed articles (15)

pBLAM1-x: standardized transposon tools for high-throughput screening

Auteurs: Alejaldre, L., Anhel, A. M., Goñi-Moreno, Á.
Publié dans: Synthetic Biology, 2023, ISSN 2397-7000
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/synbio/ysad012

Pressure‐dependent growth controls 3D architecture of Pseudomonas putida microcolonies

Auteurs: Kim, J., de Lorenzo, V., Goñi‐Moreno, Á
Publié dans: Environmental Microbiology Reports, 2023, ISSN 1758-2229
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1111/1758-2229.13182

Turing patterns with cellular computers

Auteurs: Lewis Grozinger, Ángel Goñi-Moreno
Publié dans: Cell Systems, Numéro 15, 2025, ISSN 2405-4712
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CELS.2024.11.015

Automated workflow for genotyping individual transposon library variants

Auteurs: Lorea Alejaldre, Ana-Mariya Anhel, Lewis Grozinger, Ángel Goñi-Moreno
Publié dans: BMC Methods, Numéro 3, 2026, ISSN 3004-8729
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/S44330-025-00054-3

Construction of a syntrophic <i>Pseudomonas putida</i> consortium with reciprocal substrate processing

Auteurs: Barbora Burýšková; Jesús Miró-Bueno; Barbora Popelářová; Barbora Gavendová; Ángel Goñi-Moreno; Pavel Dvořák
Publié dans: Synthetic Biology, 2025, ISSN 2397-7000
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/SYNBIO/YSAF012

Dynamics of genetic circuits in Pseudomonas protegens

Auteurs: Juan Rico, Pablo Japón, Luis M. Rubio, Ángel Goñi-Moreno
Publié dans: Cell Systems, Numéro 17, 2026, ISSN 2405-4712
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CELS.2025.101513

Genetic designs for stochastic and probabilistic biocomputing

Auteurs: Lewis Grozinger, Jesús Miró-Bueno, Ángel Goñi-Moreno
Publié dans: Physical Review E, Numéro 111, 2025, ISSN 2470-0045
Éditeur: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/PHYSREVE.111.054412

Workflow to Select Functional Promoter DNA Baits and Screen Arrayed Gene Libraries in Yeast

Auteurs: Fañanás‐Pueyo, I., Anhel, A. M., Goñi‐Moreno, Á., Oñate‐Sánchez, L.
Publié dans: Current Protocols, 2024, ISSN 2691-1299
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/cpz1.70059

Standardized Quorum Sensing Tools for Gram-Negative Bacteria

Auteurs: Paula Múgica-Galán, Jesús Miró-Bueno, Ángeles Hueso-Gil, Pablo Japón, Ángel Goñi-Moreno
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 14, 2025, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACSSYNBIO.5C00036

GENETTA: a Network-Based Tool for the Analysis of Complex Genetic Designs

Auteurs: Crowther, M., Wipat, A., Goñi-Moreno, Á
Publié dans: ACS Synthetic Biology, 2023, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.3c00333

Exploring the computing power of microbes that shapes the environment

Auteurs: Crislaine KS Rocha, Ángeles Hueso-Gil, Lorea Alejaldre, Juan Rico, Paula Múgica-Galán, Ángel Goñi-Moreno
Publié dans: Current Opinion in Microbiology, Numéro 89, 2026, ISSN 1369-5274
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.MIB.2025.102700

Why cellular computations challenge our design principles

Auteurs: Lewis Grozinger, Bruno Cuevas-Zuviría, Ángel Goñi-Moreno
Publié dans: Seminars in Cell &amp; Developmental Biology, Numéro 171, 2025, ISSN 1084-9521
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.SEMCDB.2025.103616

SEVA 4.0: an update of the Standard European Vector Architecture database for advanced analysis and programming of bacterial phenotypes

Auteurs: Martínez-García, E., Fraile, S., Algar, E., Aparicio, T., Velázquez, E., Calles, B., ... de Lorenzo, V.
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2022, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/nar/gkac1059

Biocomputation: Moving Beyond Turing with Living Cellular Computers

Auteurs: Goñi-Moreno, Á
Publié dans: Communications of the ACM, 2024, ISSN 0001-0782
Éditeur: Association for Computing Machinary, Inc.
DOI: 10.1145/3635470

The Laboratory Automation Protocol (LAP) Format and Repository: A Platform for Enhancing Workflow Efficiency in Synthetic Biology

Auteurs: Anhel, A. M., Alejaldre, L., Goñi-Moreno, Á.
Publié dans: ACS Synthetic BIology, 2023, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.3c00397

Conference proceedings (1)

Parameter Evolvability in Gene Expression Models Drives Phenotypic Adaptation

Auteurs: Pablo Japón, Jesús Miró-Bueno, Ángel Goñi-Moreno
Publié dans: ALIFE 2025: Ciphers of Life: Proceedings of the Artificial Life Conference 2025, Numéro 37, 2025
Éditeur: MIT Press
DOI: 10.1162/ISAL.A.869