Descripción del proyecto
Nuevos métodos de secuenciación para estudiar la maquinaria de traducción en células únicas
Los recientes avances en los métodos novedosos de secuenciación de célula única permitieron cuantificar y analizar los transcriptomas en millones de células únicas. Sin embargo, ningún método actual permite evaluar las eficiencias de traducción en células únicas y su correlación con los niveles y las modificaciones del ARN de transferencia (ARNt), incluidas proteínas unidas al ARN y la metilación del ARN. El equipo del proyecto scTranslatomics, financiado con fondos europeos, tiene como objetivo desarrollar tecnologías innovadoras que permitan investigar la traducción y los mecanismos que la regulan a una resolución unicelular. Los novedosos enfoques multiómicos para cuantificar y evaluar la traducción en células únicas proporcionarán información sobre la posición del ribosoma a lo largo de la transcripción, el estado de metilación del ARN de la transcripción, las proteínas unidas al ARN y los niveles y las modificaciones de la expresión del ARNt.
Objetivo
In recent years novel single-cell sequencing methods have allowed an in-depth analysis of the diversity of cell types and states in a wide range of organisms. Due to the continuous optimization of experimental and computational methods by many research groups, it is now possible to sequence the transcriptomes of thousands to millions of individual cells. Albeit an exciting development, transcription only covers the first step in the central dogma. The second step, the process of translation, is currently much harder to explore in single cells. Building upon existing ribosome profiling protocols, our laboratory recently majorly increased the sensitivity of these assays allowing ribosome profiling in single cells. However, currently no methods exist to determine the translation efficiencies in single cells and to correlate translation efficiencies to tRNA levels and their modifications, RNA bound proteins, and m6A methylation of mRNA, all major regulatory mechanisms of translation. The overarching goal of this proposal is to develop several novel multi-omics approaches to quantify translation in single cells by integrating information on ribosome position along the transcript, tRNA expression levels, tRNA modifications, RNA-bound proteins, and the m6A methylation status of the transcript. These technologies will open novel avenues to start exploring translation and its regulatory mechanisms with single-cell resolution. Whereas major discoveries have been made during the last decade by exploring the genome, the epigenome, and the transcriptome using single-cell sequencing approaches, translation, the major second step in the central dogma, is still very much unexplored at the single-cell level. I hope that the tools, presented in this proposal will provide the community with methods to explore, and ultimately understand, how translation contributes to the astonishing heterogeneity among single cells.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. La clasificación de este proyecto ha sido validada por su equipo.
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. La clasificación de este proyecto ha sido validada por su equipo.
Palabras clave
Programa(s)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Régimen de financiación
HORIZON-ERC - HORIZON ERC GrantsInstitución de acogida
1011 JV AMSTERDAM
Países Bajos