Opis projektu
Nowe metody sekwencjonowania do badania mechanizmów translacyjnych w pojedynczych komórkach
Ostatnie postępy w zakresie nowatorskich metod sekwencjonowania pojedynczych komórek umożliwiają kwantyfikację i analizę transkryptomów w milionach pojedynczych komórek. Z drugiej strony żadna z obecnych metod nie pozwala na ocenę wydajności translacji w pojedynczych komórkach i jej korelację z poziomem tRNA oraz modyfikacjami, w tym białkami związanymi z RNA i metylacją RNA. Finansowany przez UE projekt scTranslatomics ma na celu opracowanie innowacyjnych technologii, które umożliwią badanie translacji i mechanizmów regulacji translacji z dokładnością do pojedynczych komórek. Nowatorskie podejścia multiomiczne do kwantyfikacji i oceny translacji w pojedynczych komórkach dostarczą informacji o pozycji rybosomu wzdłuż transkryptu, statusie metylacji RNA, białkach związanych z RNA, poziomie ekspresji tRNA i jego modyfikacjach.
Cel
In recent years novel single-cell sequencing methods have allowed an in-depth analysis of the diversity of cell types and states in a wide range of organisms. Due to the continuous optimization of experimental and computational methods by many research groups, it is now possible to sequence the transcriptomes of thousands to millions of individual cells. Albeit an exciting development, transcription only covers the first step in the central dogma. The second step, the process of translation, is currently much harder to explore in single cells. Building upon existing ribosome profiling protocols, our laboratory recently majorly increased the sensitivity of these assays allowing ribosome profiling in single cells. However, currently no methods exist to determine the translation efficiencies in single cells and to correlate translation efficiencies to tRNA levels and their modifications, RNA bound proteins, and m6A methylation of mRNA, all major regulatory mechanisms of translation. The overarching goal of this proposal is to develop several novel multi-omics approaches to quantify translation in single cells by integrating information on ribosome position along the transcript, tRNA expression levels, tRNA modifications, RNA-bound proteins, and the m6A methylation status of the transcript. These technologies will open novel avenues to start exploring translation and its regulatory mechanisms with single-cell resolution. Whereas major discoveries have been made during the last decade by exploring the genome, the epigenome, and the transcriptome using single-cell sequencing approaches, translation, the major second step in the central dogma, is still very much unexplored at the single-cell level. I hope that the tools, presented in this proposal will provide the community with methods to explore, and ultimately understand, how translation contributes to the astonishing heterogeneity among single cells.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja tego projektu została potwierdzona przez człowieka.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja tego projektu została potwierdzona przez człowieka.
Słowa kluczowe
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
-
HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
GŁÓWNY PROGRAM
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu finansowania
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
(odnośnik otworzy się w nowym oknie) ERC-2021-ADG
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego zaproszeniaInstytucja przyjmująca
Kwota netto dofinansowania ze środków Unii Europejskiej. Suma środków otrzymanych przez uczestnika, pomniejszona o kwotę unijnego dofinansowania przekazanego powiązanym podmiotom zewnętrznym. Uwzględnia podział unijnego dofinansowania pomiędzy bezpośrednich beneficjentów projektu i pozostałych uczestników, w tym podmioty zewnętrzne.
1011 JV AMSTERDAM
Niderlandy
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.