Descripción del proyecto
Cómo repercute la (re)colocación de elementos reguladores en la actividad genética
En los genomas de los mamíferos, se pueden colocar potenciadores cerca o lejos del promotor al que regulan. El objetivo del proyecto RE_LOCATE, financiado con fondos europeos, es crear una tecnología para trasplantar determinados elementos de ADN a cientos de posiciones alternativas, lo cual revelará cómo el orden y el espaciado de los potenciadores y promotores contribuye a la regulación génica. Los investigadores combinarán esta tecnología con un ensayo combinatorio de alto rendimiento de genes marcadores para estudiar el papel de la selectividad de los potenciadores en la activación de los promotores adecuados. Además, la tecnología se empleará para mapear la extrusión de bucles que conforma las interacciones entre los potenciadores y los promotores, así como para elaborar un mapa preciso y de alta resolución de la estructura de la cromatina en estado de represión/activación. Este trabajo revelará la forma en que la colocación de los elementos reguladores a lo largo del genoma contribuye a una regulación génica óptima.
Objetivo
"In mammalian genomes, the enhancers (E) that control a promoter (P) are often scattered over tens to hundreds of kb, and frequently interdigitate with Es that control other nearby Ps. How such apparently haphazard linear arrangements can result in specific gene regulation is a major puzzle. Three main constraints are thought to be involved. First, biochemical compatibility of Es and Ps may ensure that not all Ps respond equally strongly to a given E. Second, chromatin loops may either facilitate or curb particular E-P interactions. Third, Es and Ps are controlled by the local landscape of chromatin modifications. Much is still to be learned about these constraints and their interplay. To unravel the logic of this linear arrangement of Ps and Es, it is necessary to systematically alter the positions of Es, Ps, and elements that control looping. So far, no efficient method has been available for this purpose. We propose to develop and apply RElocate, a scalable, broadly applicable technology to transplant selected DNA elements to hundreds of alternative positions within a ~2 Mb region, and track the functional consequences. We will employ RElocate in combination with a high-throughput combinatorial reporter assay to systematically study how biochemical compatibility may dictate how Es ""choose"" and activate the correct target P(s). Furthermore, we will adapt RElocate to precisely map how loop extrusion shapes E-P interactions, by insertion of hundreds of unidirectional road blocks throughout a locus. Finally, we will use the method to fine-map the repressive/activating chromatin landscape of selected regions at high resolution, and elucidate how Es and Ps may respond differently when inserted throughout this landscape. This work will reveal how the ordering and spacing of regulatory elements along the genome contributes to optimal gene regulation, and will yield a powerful perturbation tool with many applications in genome biology and human genetics."
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ADN
- ciencias naturales ciencias biológicas genética genoma
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Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMA PRINCIPAL
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) ERC-2021-ADG
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
1066 CX AMSTERDAM
Países Bajos
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.