Description du projet
Comment le (re)positionnement des éléments régulateurs affecte l’activité des gènes
Dans les génomes des mammifères, les exhausteurs peuvent être positionnés à proximité ou loin du promoteur qu’ils régulent. Le projet RE_LOCATE, financé par l’UE, vise à développer une technologie permettant de transplanter des éléments d’ADN sélectionnés dans des centaines de positions différentes, révélant ainsi comment l’ordre et l’espacement des exhausteurs et des promoteurs contribuent à la régulation des gènes. Les chercheurs combineront cette technologie avec un test rapporteur combinatoire à haut débit pour étudier le rôle de la sélectivité des exhausteurs dans l’activation des promoteurs corrects. La technologie sera également utilisée pour cartographier l’extrusion de boucles qui façonne les interactions entre les exhausteurs et les promoteurs, et pour cartographier finement le paysage chromatinien répressif/activateur à haute résolution. Ces travaux révéleront comment le positionnement des éléments régulateurs le long du génome contribue à une régulation optimale des gènes.
Objectif
"In mammalian genomes, the enhancers (E) that control a promoter (P) are often scattered over tens to hundreds of kb, and frequently interdigitate with Es that control other nearby Ps. How such apparently haphazard linear arrangements can result in specific gene regulation is a major puzzle. Three main constraints are thought to be involved. First, biochemical compatibility of Es and Ps may ensure that not all Ps respond equally strongly to a given E. Second, chromatin loops may either facilitate or curb particular E-P interactions. Third, Es and Ps are controlled by the local landscape of chromatin modifications. Much is still to be learned about these constraints and their interplay. To unravel the logic of this linear arrangement of Ps and Es, it is necessary to systematically alter the positions of Es, Ps, and elements that control looping. So far, no efficient method has been available for this purpose. We propose to develop and apply RElocate, a scalable, broadly applicable technology to transplant selected DNA elements to hundreds of alternative positions within a ~2 Mb region, and track the functional consequences. We will employ RElocate in combination with a high-throughput combinatorial reporter assay to systematically study how biochemical compatibility may dictate how Es ""choose"" and activate the correct target P(s). Furthermore, we will adapt RElocate to precisely map how loop extrusion shapes E-P interactions, by insertion of hundreds of unidirectional road blocks throughout a locus. Finally, we will use the method to fine-map the repressive/activating chromatin landscape of selected regions at high resolution, and elucidate how Es and Ps may respond differently when inserted throughout this landscape. This work will reveal how the ordering and spacing of regulatory elements along the genome contributes to optimal gene regulation, and will yield a powerful perturbation tool with many applications in genome biology and human genetics."
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMME PRINCIPAL
Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2021-ADG
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
1066 CX Amsterdam
Pays-Bas
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.