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Tessellation-based analysis of dynamic protein structures and their complexes - MoleculAR MOTions meet TEssellations (MARMOTTE).

Description du projet

Prédire les interactions des protéines grâce à l’apprentissage automatique

Traditionnellement, la structure 3D d’une protéine est définie à l’aide de méthodes expérimentales telles que la cristallographie aux rayons X et la cryo-microscopie électronique. Les progrès récents de l’IA permettent de prédire avec une grande précision la structure des protéines à partir de leur séquence d’acides aminés. Ce n’est toutefois pas le cas de la dynamique et des interactions entre protéines, qui sont essentielles pour prédire la fonction des protéines. Financé par le programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet MARMOTTE a pour ambition de développer des méthodes de prédiction des interactions d’une structure moléculaire dynamique. Cela permettra de mieux comprendre les complexes protéiques et facilitera la découverte plus rapide et plus avancée de médicaments.

Objectif

This year has seen a breakthrough in structural bioinformatics - deep learning-based methods, most notably Google DeepMind's AlphaFold2, have demonstrated near-experimental accuracy of protein structure predictions. However, even the best protein structure prediction methods do not automatically provide knowledge about protein dynamics and protein interactions, which is often essential to understand or predict the biological functions of proteins. Those functions are performed via intermolecular interactions, and such interactions almost always involve conformational changes of engaged partners. The problem of modeling dynamic protein structures and their complexes is still largely unsolved - this project aims to significantly contribute towards its future solution by exploring the link between computational geometry, statistical physics, and machine learning. The postdoctoral researcher will develop novel methods that: given a dynamic (moving) molecular structure, efficiently compute tessellation-derived contact areas; given a starting structure and its tessellation-derived contacts areas, predict (using a graph neural network) how the interatomic contact areas will change upon motion; given a protein complex model generated by docking, use the predicted statistical properties of the contact areas to estimate (using a graph neural network) the protein-protein binding energy score. If successfully developed, such methods will provide unique data about the dynamics of tessellation-derived interatomic contact areas. Most importantly, they will provide effective dynamics-aware scores for assessing and ranking structural models of protein complexes.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.

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Mots‑clés

Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).

Programme(s)

Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.

Thème(s)

Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.

Régime de financement

Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme de financement

Appel à propositions

Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.

(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2021-PF-01

Voir tous les projets financés au titre de cet appel

Coordinateur

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
Contribution nette de l'UE

La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.

€ 195 914,88
Coût total

Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.

Aucune donnée

Partenaires (1)

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