PErPetuating Stemness: From single-cell analysis to mechanistic spatio-temporal models of neural stem cell dynamics

Informations projet

PEPS

N° de convention de subvention: 101071786

DOI

10.3030/101071786

Date de signature de la CE 27 Janvier 2023

Date de début 1 Juin 2023

Date de fin 31 Mai 2029

Financé au titre de

• European Research Council (ERC)

Coût total

€ 10 858 174,00

Contribution de l’UE

€ 10 858 174,00

Coordonné par

DEUTSCHES KREBSFORSCHUNGSZENTRUM HEIDELBERG
Germany

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Publications

Peer reviewed articles (14)

Generation and Pharmacological Manipulation of 3D‐Spheroid Cultures Derived From Zebrafish Adult Neural Stem Cells in a Droplet‐Based Microfluidic Platform

Auteurs: Melina Thetiot, Sébastien Sart, Delphine Cussigh, Marion Coolen, Charles N. Baroud, Laure Bally‐Cuif
Publié dans: Biology of the Cell, Numéro 117, 2025, ISSN 0248-4900
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1111/BOC.70007

Nature Communications

Auteurs: Morizet, David; Foucher, Isabelle; Alunni, Alessandro; Bally-Cuif, L
Publié dans: Nature Communications, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing group
DOI: 10.1038/S41467-024-47484-1

Notch signaling blockade links transcriptome heterogeneity in quiescent neural stem cells with their reactivation routes and potential

Auteurs: Morizet D, Foucher I, Mignerey I, Alunni A, Bally-Cuif L
Publié dans: Science Advances, 2025, ISSN 2375-2548
Éditeur: AAAS
DOI: 10.1126/SCIADV.ADU3189

Stem Cell Reports

Auteurs: Miriam Labusch; Melina Thetiot; Emmanuel Than-Trong; David Morizet; Marion Coolen; Hugo Varet; Rachel Legendre; Sara Ortica; Laure Mancini; Laure Bally-Cuif
Publié dans: Stem Cell Reports, 2023, ISSN 2213-6711
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/J.STEMCR.2024.02.007

Unraveling Regulatory Feedback Mechanisms in Adult Neurogenesis Through Mathematical Modelling

Auteurs: Diana-Patricia Danciu; Filip Z. Klawe; Laura Femmer; Ekaterina Kostina; Ana Martin-Villalba; Anna Marciniak-Czochra
Publié dans: npj Systems Biology and Applications, 2025, ISSN 2056-7189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/S41540-025-00563-5

Statistical parameter identification of mixed-mode patterns from a single experimental snapshot

Auteurs: Alexey Kazarnikov, Robert Scheichl, Irving R. Epstein, Heikki Haario, Anna Marciniak-Czochra
Publié dans: Journal of Computational Physics, Numéro 543, 2025, ISSN 0021-9991
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.JCP.2025.114384

Jagged-mediated lateral induction patterns Notch3 signaling within adult neural stem cell populations

Auteurs: Sara Ortica, Miguel Martinez Herrera, Louis Degroux, Bastian Rochette, Nicolas Dray, Laure Bally-Cuif
Publié dans: Nature Communications, Numéro 17, 2026, ISSN 2041-1723
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-026-70478-0

Nature Communications

Auteurs: Leo Carl Foerster, Oguzhan Kaya, ...,Anna Marciniak-Czochra, Simon Anders, Angela Goncalves, Ana Martin-Villalba
Publié dans: Nature Communications, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/S41467-025-62528-W

Non-apoptotic caspase events and Atf3 expression underlie direct neuronal differentiation of adult neural stem cells

Auteurs: Frédéric Rosa; Nicolas Dray; Sébastien Bedu; Laure Bally-Cuif
Publié dans: Development, 2024, ISSN 1477-9129
Éditeur: The Company of Biologists
DOI: 10.1242/DEV.204381

Structured population models on Polish spaces: A unified approach including graphs, Riemannian manifolds and measure spaces to describe dynamics of heterogeneous populations

Auteurs: Christian Düll, Piotr Gwiazda, Anna Marciniak-Czochra, Jakub Skrzeczkowski
Publié dans: Mathematical Models and Methods in Applied Sciences, Numéro 34, 2024, ISSN 0218-2025
Éditeur: World Scientific Pub Co Pte Ltd
DOI: 10.1142/S0218202524400037

Beyond Bayesian Inference: The Correlation Integral Likelihood Framework and Gradient Flow Methods for Deterministic Sampling

Auteurs: Piotr Gwiazda; Alexey Kazarnikov; Anna Marciniak-Czochra; Zuzanna Szymańska
Publié dans: Bulletin of Mathematical Biology, 2025, ISSN 1522-9602
Éditeur: New York, NY : Springer
DOI: 10.48550/ARXIV.2512.03122

Protocol update to: High-throughput scNMT protocol for multiomics profiling of single cells from mouse brain and pancreatic organoids

Auteurs: Santiago Cerrizuela, Oguzhan Kaya, Lukas P.M. Kremer, Andrea Sarvari, Tobias Ellinger, Jannes Straub, Jan Brunken, Andrés Sanz-Morejón, Aylin Korkmaz, Ana Martín-Villalba
Publié dans: STAR Protocols, Numéro 6, 2025, ISSN 2666-1667
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.XPRO.2025.103980

Neural Stem Cell Regulation in Zebrafish

Auteurs: Foley, Tanya; Thetiot, Melina; Bally-Cuif, L
Publié dans: Annual Review of Genetics, 2024, ISSN 1545-2948
Éditeur: Annual Reviews
DOI: 10.1146/ANNUREV-GENET-111523-101949

FishFeats: streamlined quantification of multimodal labeling at the single-cell level in 3D tissues

Auteurs: Gaëlle Letort, Tanya Foley, Ilona Mignerey, Laure Bally-Cuif, Nicolas Dray
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 42, 2026, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/BIOINFORMATICS/BTAG105