Description du projet
Infection, interactions hôte-pathogène et transmission des pathologies respiratoires
La pneumonie est une infection potentiellement grave qui affecte les poumons et peut être causée par divers agents pathogènes, notamment des bactéries et des virus. Certains micro-organismes responsables de la pneumonie peuvent toutefois coloniser les voies respiratoires supérieures sans pour autant provoquer de maladie. Le rôle de ces micro-organismes dans la transmission au sein des communautés et dans l’immunité n’est toujours pas clair. Financé par le Conseil européen de la recherche, le projet DailySAM vise à combler ce manque de connaissances en étudiant les infections des voies respiratoires supérieures chez les enfants. Les chercheurs optimiseront les techniques d’échantillonnage nasal en utilisant des bandes matricielles synthétiques absorbantes et recueilleront des données sur le microbiome et les réponses immunitaires de l’hôte. En fin de compte, les résultats du projet devraient orienter le développement de nouveaux diagnostics et de nouvelles thérapies, et améliorer notre compréhension de la propagation des agents pathogènes.
Objectif
Pneumonia is the number one infectious cause of death in children worldwide. Many of the viruses and bacteria that cause pneumonia regularly infect, or colonize, the upper respiratory tract (URT) without causing disease. This drives community transmission but is also an important source of immunity. The processes and key host immune and microbiota factors that determine the infection kinetics, transmission and development of immunity during such infections need elucidation.
I have recently optimized minimally-invasive nasal sampling analysis methods using Synthetic Absorptive Matrix (SAM) strips that now allow me to address these knowledge gaps. Through the daily collection of such well-tolerated nasal samples in children, I will study non-pathological, naturally-acquired URT infections, but also controlled infections in an ethical and safe manner using the live attenuated influenza vaccine. In addition, I will perform high frequency nasal sampling in groups of schoolchildren to precisely measure transmission events over time and even infer exposure. Incoming bacteria, viruses and the resident URT microbiome as well as mucosal host innate and adaptive immune responses will be quantified in parallel throughout infections using existing and new high-throughput assays, including an antigen array and microfluidic qPCR for 32 pathogens. Multi-omics integrative time-series analyses and mathematical modelling will be used to identify parameters that are central and predictive for pathogen acquisition, replication and clearance; as well as for transmission and immune boosting. Key novel markers and concepts will be validated using state-of-the-art in vitro mucosal models.
The comprehensive and detailed understanding of URT infections obtained in this project can lead to better diagnostics, mucosal targeted therapies and vaccines, and provide a basis for the improved predictions of pathogen spread and public health effects of interventions at the population level.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN.
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Mots‑clés
Programme(s)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Thème(s)
Régime de financement
HORIZON-ERC - HORIZON ERC GrantsInstitution d’accueil
2333 ZA Leiden
Pays-Bas