Memory dependent PAth Sampling methods for understanding long TIMEscale molecular processes

Información del proyecto

PASTIME

Identificador del acuerdo de subvención: 101086145

DOI

10.3030/101086145

Fecha de la firma de la CE 17 Marzo 2023

Fecha de inicio 1 Septiembre 2023

Fecha de finalización 31 Agosto 2028

Financiado con arreglo a

• European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 000 000,00

Aportación de la UE

€ 2 000 000,00

Coordinado por

UNIVERSITEIT GENT
Belgium

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Publicaciones

Peer reviewed articles (13)

Conformational dynamics of α‐1 acid glycoprotein (AGP) in cancer: A comparative study of glycosylated and unglycosylated AGP

Autores: Bhawna Dixit, Wim Vranken, An Ghysels
Publicado en: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, Edición 92, 2024, ISSN 0887-3585
Editor: Wiley
DOI: 10.1002/PROT.26607

PyRETIS 3: Conquering rare and slow events without boundaries

Autores: Wouter Vervust, Daniel T. Zhang, An Ghysels, Sander Roet, Titus S. van Erp, Enrico Riccardi
Publicado en: Journal of Computational Chemistry, Edición 45, 2024, ISSN 0192-8651
Editor: Wiley
DOI: 10.1002/JCC.27319

Journal of Computational Chemistry

Autores: Wouter Vervust; Daniel T. Zhang; An Ghysels; Sander Roet; Titus S. van Erp; Enrico Riccardi
Publicado en: Journal of Computational Chemistry, 2024, ISSN 0192-8651
Editor: Wiley
DOI: 10.1002/JCC.27319

Validation of a Coarse-Grained Martini 3 Model for Molecular Oxygen

Autores: Samaneh Davoudi, Petteri A. Vainikka, Siewert J. Marrink, An Ghysels
Publicado en: Journal of Chemical Theory and Computation, Edición 21, 2025, ISSN 1549-9618
Editor: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JCTC.4C01348

Enhanced molecular docking: Novel algorithm for identifying highest weight k-cliques in weighted general and protein-ligand graphs

Autores: Kati Rozman, An Ghysels, Bogdan Zavalnij, Tanja Kunej, Urban Bren, Dušanka Janežič, Janez Konc
Publicado en: Journal of Molecular Structure, Edición 1304, 2024, ISSN 0022-2860
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.MOLSTRUC.2024.137639

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Autores: Wouter Vervust; Sina Safaei; Katja Witschas; Luc Leybaert; An Ghysels
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, 2025, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/PNAS.2422437122

Exact Kinetics of Drug Permeation Using Transition Interface Sampling

Autores: Sina Safaei, Lukas Baldauf, Titus S. van Erp, An Ghysels
Publicado en: The Journal of Physical Chemistry B, Edición 129, 2025, ISSN 1520-6106
Editor: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JPCB.5C05025

Gradations in protein dynamics captured by experimental NMR are not well represented by AlphaFold2 models and other computational metrics

Autores: Jose Gavalda-Garcia, Bhawna Dixit, Adrián Díaz, An Ghysels, Wim Vranken
Publicado en: Journal of Molecular Biology, Edición 437, 2025, ISSN 0022-2836
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.JMB.2024.168900

Myelin sheaths can act as compact temporary oxygen storage units as modeled by an electrical RC circuit model

Autores: Wouter Vervust, Sina Safaei, Katja Witschas, Luc Leybaert, An Ghysels
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, Edición 122, 2025, ISSN 0027-8424
Editor: Proceedings of the National Academy of Sciences
DOI: 10.21203/RS.3.RS-4773524/V1

An exact algorithm to find a maximum weight clique in a weighted undirected graph

Autores: Kati Rozman, An Ghysels, Dušanka Janežič, Janez Konc
Publicado en: Scientific Reports, Edición 14, 2024, ISSN 2045-2322
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41598-024-59689-X

Capric Acid and Myristic Acid Permeability Enhancers in Curved Liposome Membranes

Autores: Samaneh Davoudi, Koen Raemdonck, Kevin Braeckmans, An Ghysels
Publicado en: Journal of Chemical Information and Modeling, Edición 63, 2023, ISSN 1549-9596
Editor: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JCIM.3C00936

Journal of Chemical Theory and Computation

Autores: Samaneh Davoudi; Petteri A. Vainikka; Siewert J. Marrink; An Ghysels
Publicado en: Journal of Chemical Theory and Computation, 2024, ISSN 1549-9618
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/ACS.JCTC.4C01348

Journal of Chemical Theory and Computation

Autores: Samaneh Davoudi; Koen Raemdonck; Kevin Braeckmans; An Ghysels
Publicado en: Journal of Chemical Information and Modeling, 2023, ISSN 1549-9618
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/ACS.JCIM.3C00936