Memory dependent PAth Sampling methods for understanding long TIMEscale molecular processes

Informations projet

PASTIME

N° de convention de subvention: 101086145

DOI

10.3030/101086145

Date de signature de la CE 17 Mars 2023

Date de début 1 Septembre 2023

Date de fin 31 Août 2028

Financé au titre de

• European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 000 000,00

Contribution de l’UE

€ 2 000 000,00

Coordonné par

UNIVERSITEIT GENT
Belgium

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (13)

Conformational dynamics of α‐1 acid glycoprotein (AGP) in cancer: A comparative study of glycosylated and unglycosylated AGP

Auteurs: Bhawna Dixit, Wim Vranken, An Ghysels
Publié dans: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, Numéro 92, 2024, ISSN 0887-3585
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/PROT.26607

PyRETIS 3: Conquering rare and slow events without boundaries

Auteurs: Wouter Vervust, Daniel T. Zhang, An Ghysels, Sander Roet, Titus S. van Erp, Enrico Riccardi
Publié dans: Journal of Computational Chemistry, Numéro 45, 2024, ISSN 0192-8651
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/JCC.27319

Journal of Computational Chemistry

Auteurs: Wouter Vervust; Daniel T. Zhang; An Ghysels; Sander Roet; Titus S. van Erp; Enrico Riccardi
Publié dans: Journal of Computational Chemistry, 2024, ISSN 0192-8651
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/JCC.27319

Validation of a Coarse-Grained Martini 3 Model for Molecular Oxygen

Auteurs: Samaneh Davoudi, Petteri A. Vainikka, Siewert J. Marrink, An Ghysels
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, Numéro 21, 2025, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JCTC.4C01348

Enhanced molecular docking: Novel algorithm for identifying highest weight k-cliques in weighted general and protein-ligand graphs

Auteurs: Kati Rozman, An Ghysels, Bogdan Zavalnij, Tanja Kunej, Urban Bren, Dušanka Janežič, Janez Konc
Publié dans: Journal of Molecular Structure, Numéro 1304, 2024, ISSN 0022-2860
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.MOLSTRUC.2024.137639

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Auteurs: Wouter Vervust; Sina Safaei; Katja Witschas; Luc Leybaert; An Ghysels
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, 2025, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/PNAS.2422437122

Exact Kinetics of Drug Permeation Using Transition Interface Sampling

Auteurs: Sina Safaei, Lukas Baldauf, Titus S. van Erp, An Ghysels
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry B, Numéro 129, 2025, ISSN 1520-6106
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JPCB.5C05025

Gradations in protein dynamics captured by experimental NMR are not well represented by AlphaFold2 models and other computational metrics

Auteurs: Jose Gavalda-Garcia, Bhawna Dixit, Adrián Díaz, An Ghysels, Wim Vranken
Publié dans: Journal of Molecular Biology, Numéro 437, 2025, ISSN 0022-2836
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.JMB.2024.168900

Myelin sheaths can act as compact temporary oxygen storage units as modeled by an electrical RC circuit model

Auteurs: Wouter Vervust, Sina Safaei, Katja Witschas, Luc Leybaert, An Ghysels
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 122, 2025, ISSN 0027-8424
Éditeur: Proceedings of the National Academy of Sciences
DOI: 10.21203/RS.3.RS-4773524/V1

An exact algorithm to find a maximum weight clique in a weighted undirected graph

Auteurs: Kati Rozman, An Ghysels, Dušanka Janežič, Janez Konc
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 14, 2024, ISSN 2045-2322
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41598-024-59689-X

Capric Acid and Myristic Acid Permeability Enhancers in Curved Liposome Membranes

Auteurs: Samaneh Davoudi, Koen Raemdonck, Kevin Braeckmans, An Ghysels
Publié dans: Journal of Chemical Information and Modeling, Numéro 63, 2023, ISSN 1549-9596
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JCIM.3C00936

Journal of Chemical Theory and Computation

Auteurs: Samaneh Davoudi; Petteri A. Vainikka; Siewert J. Marrink; An Ghysels
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, 2024, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/ACS.JCTC.4C01348

Journal of Chemical Theory and Computation

Auteurs: Samaneh Davoudi; Koen Raemdonck; Kevin Braeckmans; An Ghysels
Publié dans: Journal of Chemical Information and Modeling, 2023, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/ACS.JCIM.3C00936