Description du projet
Cartographier les tumeurs à l’échelle de la cellule unique
Le microenvironnement tumoral (MET) est un écosystème complexe où interagissent les cellules tumorales, immunitaires et stromales. La progression du cancer implique la diversification et l’expansion de sous-clones tumoraux influencés par le MET. Les progrès de la génomique unicellulaire permettent d’explorer ces interactions, mais des questions essentielles subsistent concernant l’environnement des sous-clones. Le projet Tx-phylogeography, financé par le CER, va développer la phylogéographie transcriptionnelle pour étudier le développement des tumeurs à une résolution unicellulaire. S’appuyant sur les mutations CRISPR/Cas9 et le séquençage de l’ARN d’une cellule unique, il va créer un ensemble de données qui identifiera les traits sous-clonaux clés et leurs relations avec le MET. Le projet abordera également les défis analytiques dans ce domaine, afin de relier le MET à l’évolution de la tumeur.
Objectif
The tumor microenvironment (TME) is a dynamic ecosystem wherein tumor cells, immune cells and stromal cells interact and evolve. One of the primary characteristics of cancer progression is the diversification, selection and expansion of tumor sub-clones in manner that largely depends on the TME, e.g. through immune responses or metabolic crosstalk. Advances in single-cell and spatial genomics provide exciting opportunities for studying how tumors evolve in their tissue context, by lending an information-rich perspective on which cell subsets are present and how they might interact. However, fundamental questions, which require the knowledge of how single tumor cells are related sub-clonally, remain challenging to study through that perspective. Fundamentally - what characterizes the immediate cellular environment of successful subclones?
Here, we develop transcriptional phylogeography - a paradigm for studying tumor development in-situ, on a transcriptome-wide scale, and at single cell resolution. Our work will leverage studies by us and others that utilized CRISPR/Cas9 mutations coupled with single cell RNA sequencing to infer the lineage structure of thousands of single cells at a time. Adapting this system for in-situ profiling, we will generate the first of its kind phylogeography dataset of a tumor model. This data will allow us to identify tissue locations that harbor critical sub-clonal properties such as unrestrained growth, dedifferentiation, and metastatic seeding, and thereby investigate - through the lens of high throughput genomics- how the TME is associated with these properties. We will also identify and offer solutions for outstanding analytical questions in this nascent area, from lineage inference given sparse data to characterizing the metabolic aspects of tumor-TME cross talk. Together, these studies will help establish new causal links between the TME and tumor evolution and lay the foundation for transcriptional phylogeography analysis.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles sciences biologiques génétique mutation
- sciences médicales et de la santé médecine clinique oncologie
Vous devez vous identifier ou vous inscrire pour utiliser cette fonction
Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
-
HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMME PRINCIPAL
Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme de financement
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2022-COG
Voir tous les projets financés au titre de cet appelInstitution d’accueil
La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
7610001 Rehovot
Israël
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.