Doing Charges Right: Modelling Ion-Controlled Biological Processes with the Correct Toolbox

Informations projet

Q-SCALING

N° de convention de subvention: 101095957

DOI

10.3030/101095957

Date de signature de la CE 8 Juin 2023

Date de début 1 Octobre 2023

Date de fin 30 Septembre 2028

Financé au titre de

• European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 499 115,00

Contribution de l’UE

€ 2 499 115,00

Coordonné par

USTAV ORGANICKE CHEMIE A BIOCHEMIE, AV CR, V.V.I.
Czechia

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (12)

Ion pairing in aqueous tetramethylammonium–acetate solutions by neutron scattering and molecular dynamics simulations

Auteurs: Ngoc Lan Le Nguyen, Ondrej Tichacek, Pavel Jungwirth, Hector Martinez-Seara, Philip E. Mason, Elise Duboué-Dijon
Publié dans: Physical Chemistry Chemical Physics, 2025, ISSN 1463-9076
Éditeur: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.1039/D4CP04312J

Hydration of biologically relevant tetramethylammonium cation by neutron scattering and molecular dynamics

Auteurs: Philip E. Mason, Tomas Martinek, Balázs Fábián, Mario Vazdar, Pavel Jungwirth, Ondrej Tichacek, Elise Duboué-Dijon, Hector Martinez-Seara
Publié dans: Physical Chemistry Chemical Physics, Numéro 26, 2024, ISSN 1463-9076
Éditeur: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.1039/D3CP05449G

Nonaqueous Ion Pairing Exemplifies the Case for Including Electronic Polarization in Molecular Dynamics Simulations

Auteurs: Vojtech Kostal, Pavel Jungwirth, Hector Martinez-Seara
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry Letters, Numéro 14, 2023, ISSN 1948-7185
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JPCLETT.3C02231

From the outer ear to the nerve: A complete computer model of the peripheral auditory system

Auteurs: Ondrej Tichacek, Pavel Mistrík, Pavel Jungwirth
Publié dans: Hearing Research, Numéro 440, 2024, ISSN 0378-5955
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.HEARES.2023.108900

Cation−π Interactions in Biomolecular Contexts by Neutron Scattering and Molecular Dynamics: A Case Study of the Tetramethylammonium Cation

Auteurs: Matej Cervenka, Brennon L. Shanks, Philip E. Mason, Pavel Jungwirth
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry B, Numéro 129, 2025, ISSN 1520-6106
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JPCB.5C02001

Effective Inclusion of Electronic Polarization Improves the Description of Electrostatic Interactions: The prosECCo75 Biomolecular Force Field

Auteurs: Ricky Nencini, Carmelo Tempra, Denys Biriukov, Miguel Riopedre-Fernandez, Victor Cruces Chamorro, Jakub Polák, Philip E. Mason, Daniel Ondo, Jan Heyda, O. H. Samuli Ollila, Pavel Jungwirth, Matti Javanainen, Hector Martinez-Seara
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, Numéro 20, 2024, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JCTC.4C00743

Charge Scaling Force Field for Biologically Relevant Ions Utilizing a Global Optimization Method

Auteurs: Shujie Fan, Philip E. Mason, Victor Cruces Chamorro, Brennon L. Shanks, Hector Martinez-Seara, Pavel Jungwirth
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, Numéro 21, 2025, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JCTC.5C00873

NMR-Derived Salt Bridges in Insulin Analogue: Resolving Artifactual Overbinding in Molecular Dynamics via Charge Scaling

Auteurs: Ngoc Lan Le Nguyen, Jiří Žák, Pavel Jungwirth, Martin Lepšík
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry Letters, Numéro 16, 2025, ISSN 1948-7185
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JPCLETT.5C01786

Building Water Models Compatible with Charge Scaling Molecular Dynamics

Auteurs: Victor Cruces Chamorro, Pavel Jungwirth, Hector Martinez-Seara
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry Letters, Numéro 15, 2024, ISSN 1948-7185
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JPCLETT.4C00344

Rapid flipping between electrolyte and metallic states in ammonia solutions of alkali metals

Auteurs: Marco Vitek, Igor Rončević, Ondrej Marsalek, H. Christian Schewe, Pavel Jungwirth
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-59071-Z

Hydration numbers of biologically relevant divalent metal cations from <i>ab initio</i> molecular dynamics and continuum solvation methods

Auteurs: Tadeáš Kalvoda, Tomas Martinek, Pavel Jungwirth, Lubomír Rulíšek
Publié dans: The Journal of Chemical Physics, Numéro 160, 2024, ISSN 0021-9606
Éditeur: AIP Publishing
DOI: 10.1063/5.0192024

Stability and Reactivity of Aromatic Radical Anions in Solution with Relevance to Birch Reduction

Auteurs: Tatiana Nemirovich, Brandon Young, Krystof Brezina, Philip E. Mason, Robert Seidel, Dominik Stemer, Bernd Winter, Pavel Jungwirth, Stephen E. Bradforth, H. Christian Schewe
Publié dans: Journal of the American Chemical Society, Numéro 146, 2024, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/JACS.3C11655