Doing Charges Right: Modelling Ion-Controlled Biological Processes with the Correct Toolbox

Projektinformationen

Q-SCALING

ID Finanzhilfevereinbarung: 101095957

DOI

10.3030/101095957

EK-Unterschriftsdatum 8 Juni 2023

Startdatum 1 Oktober 2023

Enddatum 30 September 2028

Finanziert unter

• European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 499 115,00

EU-Beitrag

€ 2 499 115,00

Koordiniert durch

USTAV ORGANICKE CHEMIE A BIOCHEMIE, AV CR, V.V.I.
Czechia

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (12)

Ion pairing in aqueous tetramethylammonium–acetate solutions by neutron scattering and molecular dynamics simulations

Autoren: Ngoc Lan Le Nguyen, Ondrej Tichacek, Pavel Jungwirth, Hector Martinez-Seara, Philip E. Mason, Elise Duboué-Dijon
Veröffentlicht in: Physical Chemistry Chemical Physics, 2025, ISSN 1463-9076
Herausgeber: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.1039/D4CP04312J

Hydration of biologically relevant tetramethylammonium cation by neutron scattering and molecular dynamics

Autoren: Philip E. Mason, Tomas Martinek, Balázs Fábián, Mario Vazdar, Pavel Jungwirth, Ondrej Tichacek, Elise Duboué-Dijon, Hector Martinez-Seara
Veröffentlicht in: Physical Chemistry Chemical Physics, Ausgabe 26, 2024, ISSN 1463-9076
Herausgeber: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.1039/D3CP05449G

Nonaqueous Ion Pairing Exemplifies the Case for Including Electronic Polarization in Molecular Dynamics Simulations

Autoren: Vojtech Kostal, Pavel Jungwirth, Hector Martinez-Seara
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry Letters, Ausgabe 14, 2023, ISSN 1948-7185
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JPCLETT.3C02231

From the outer ear to the nerve: A complete computer model of the peripheral auditory system

Autoren: Ondrej Tichacek, Pavel Mistrík, Pavel Jungwirth
Veröffentlicht in: Hearing Research, Ausgabe 440, 2024, ISSN 0378-5955
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.HEARES.2023.108900

Cation−π Interactions in Biomolecular Contexts by Neutron Scattering and Molecular Dynamics: A Case Study of the Tetramethylammonium Cation

Autoren: Matej Cervenka, Brennon L. Shanks, Philip E. Mason, Pavel Jungwirth
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry B, Ausgabe 129, 2025, ISSN 1520-6106
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JPCB.5C02001

Effective Inclusion of Electronic Polarization Improves the Description of Electrostatic Interactions: The prosECCo75 Biomolecular Force Field

Autoren: Ricky Nencini, Carmelo Tempra, Denys Biriukov, Miguel Riopedre-Fernandez, Victor Cruces Chamorro, Jakub Polák, Philip E. Mason, Daniel Ondo, Jan Heyda, O. H. Samuli Ollila, Pavel Jungwirth, Matti Javanainen, Hector Martinez-Seara
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe 20, 2024, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JCTC.4C00743

Charge Scaling Force Field for Biologically Relevant Ions Utilizing a Global Optimization Method

Autoren: Shujie Fan, Philip E. Mason, Victor Cruces Chamorro, Brennon L. Shanks, Hector Martinez-Seara, Pavel Jungwirth
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe 21, 2025, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JCTC.5C00873

NMR-Derived Salt Bridges in Insulin Analogue: Resolving Artifactual Overbinding in Molecular Dynamics via Charge Scaling

Autoren: Ngoc Lan Le Nguyen, Jiří Žák, Pavel Jungwirth, Martin Lepšík
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry Letters, Ausgabe 16, 2025, ISSN 1948-7185
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JPCLETT.5C01786

Building Water Models Compatible with Charge Scaling Molecular Dynamics

Autoren: Victor Cruces Chamorro, Pavel Jungwirth, Hector Martinez-Seara
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry Letters, Ausgabe 15, 2024, ISSN 1948-7185
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JPCLETT.4C00344

Rapid flipping between electrolyte and metallic states in ammonia solutions of alkali metals

Autoren: Marco Vitek, Igor Rončević, Ondrej Marsalek, H. Christian Schewe, Pavel Jungwirth
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-59071-Z

Hydration numbers of biologically relevant divalent metal cations from <i>ab initio</i> molecular dynamics and continuum solvation methods

Autoren: Tadeáš Kalvoda, Tomas Martinek, Pavel Jungwirth, Lubomír Rulíšek
Veröffentlicht in: The Journal of Chemical Physics, Ausgabe 160, 2024, ISSN 0021-9606
Herausgeber: AIP Publishing
DOI: 10.1063/5.0192024

Stability and Reactivity of Aromatic Radical Anions in Solution with Relevance to Birch Reduction

Autoren: Tatiana Nemirovich, Brandon Young, Krystof Brezina, Philip E. Mason, Robert Seidel, Dominik Stemer, Bernd Winter, Pavel Jungwirth, Stephen E. Bradforth, H. Christian Schewe
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 146, 2024, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/JACS.3C11655