Descripción del proyecto
Un mejor agrupamiento mejora la calidad de los genomas ensamblados por metagenomas
Los microbiomas humanos y ambientales son comunidades microbianas diversas que tienen una gran importancia en la salud humana y el funcionamiento de los ecosistemas. El conocimiento de sus genes, productos e interacciones dinámicas ha aumentado gracias a la metagenómica: el estudio de la estructura y función de secuencias de nucleótidos completas obtenidas de todos los organismos de una muestra. Sin embargo, la calidad de los genomas ensamblados a partir de metagenomas se ve afectada por el agrupamiento, que consiste en agrupar las secuencias por especies. El proyecto Metagenome binning, que cuenta con el apoyo de las acciones Marie Skłodowska-Curie, tiene por objeto resolver estos problemas con un novedoso algoritmo de agrupamiento, que mejora el agrupamiento de secuencias poco abundantes y muy conservadas.
Objetivo
Metagenome-assembled genomes (MAGs) obtained from metagenomics are of fundamental value to understanding diverse ecological niches of microbes such as the human gut, with applications in medicine, biotechnology, and climate science. However, the quality of MAGs constructed with state-of-the-art tools is often unsatisfactory and worse than the self-reported quality. The main source of error is binning, a computational step that groups sequences assembled from short sequencing reads (contigs) into species-wise bins. The two chief challenges are accurately binning (1) genomes with low abundance and (2) highly conserved regions. Due to cross-mapping of reads, the contigs from conserved regions appear to have abundances equal to the sum of the abundances of the related species or strains. As conventional binning tools all rely on clustering contigs according to their abundances across samples, conserved regions end up forming separate bins. Besides, most existing methods optimise quality measures (purity and completeness based on conserved marker genes) and assess the final quality on these very measures, leading to highly optimistic results. I aim to solve these problems by developing a binning algorithm that applies
i) linear mixture models using non-negative matrix factorization to account for cross-mapping,
ii) Poisson statistics to accurately model low abundance, and
iii) Bayesian statistics-based multinomial clustering to calculate bin numbers. Importantly, it does not require marker gene-based quality measures for binning.
By improving the binning of low-abundance and highly conserved contigs, this approach should yield more high-quality MAGs, thereby enhancing a multitude of downstream metagenomic analyses for all areas of microbiome research.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo.
La clasificación de este proyecto ha sido validada por personas.
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo.
La clasificación de este proyecto ha sido validada por personas.
- ciencias naturales informática y ciencias de la información software desarrollo de software
- ciencias naturales informática y ciencias de la información inteligencia artificial aprendizaje automático
- ciencias naturales ciencias biológicas genética genoma
- ciencias naturales ciencias biológicas microbiología
Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMA PRINCIPAL
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) HORIZON-MSCA-2022-PF-01
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
80539 MUNCHEN
Alemania
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.