Objectif
The dynamics of biological systems, from proteins to cells to organisms, is complex and stochastic. To decipher their physical laws, we need to bridge between experimental observations and theoretical modeling. Thanks to progress in microscopy and tracking, there is today an abundance of experimental trajectories reflecting these dynamical laws. Inferring physical models from noisy and imperfect experimental data, however, is challenging. Because there are no inference methods that are robust and efficient, model reconstruction from experimental trajectories is a bottleneck to data-driven biophysics.
I will bridge this gap by developing practical algorithms that permit robust and universal inference of stochastic dynamical models from experimental trajectories. To this aim, I will build data-efficient tools to learn stochastic differential equations and discover physical models, employing methods from statistical physics and machine learning. The main focus of SuperStoc will be in resolving models with high precision from limited trajectories. To assess the efficiency of the methods I develop, I will design information-theoretical frameworks to quantify how much can be inferred from trajectories that are short, partial and noisy. The convergence of the resulting algorithms will be backed by mathematical proofs and numerical simulations in realistic conditions.
I will apply these new tools to several key open biophysical problems where existing methods are failing: condensate-mediated interactions between genomic loci, cellular mechanosensing in confined environments, pattern formation in embryo development, and visual interaction between fish leading to collective motion.
The resulting algorithms will be implemented into a software designed to be useful for the broad soft biological matter community. By proving that one can do more with the same data and providing tools to do so, SuperStoc will help bridge the inference gap towards data-driven biophysics.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles informatique et science de l'information logiciel
- sciences naturelles sciences physiques optique microscopie
- sciences naturelles sciences biologiques biophysique
- sciences médicales et de la santé médecine clinique embryologie
- sciences sociales droit
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2023-STG
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
75794 PARIS
France
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.