Transcription in 4D: the dynamic interplay between chromatin architecture and gene expression in developing pseudo-embryos

Informations projet

DynaTrans

N° de convention de subvention: 101118866

DOI

10.3030/101118866

Date de signature de la CE 15 Decembre 2023

Date de début 1 Mai 2024

Date de fin 30 Avril 2030

Financé au titre de

• European Research Council (ERC)

Coût total

€ 9 546 410,00

Contribution de l’UE

€ 9 546 410,00

Coordonné par

INSTITUT PASTEUR
France

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Publications

Peer reviewed articles (8)

Marr's Three Levels for Embryonic Development: Information, Dynamical Systems, Gene Networks

Auteurs: David B. Brückner; Gašper Tkačik
Publié dans: PRX Life, 2026, ISSN 2835-8279
Éditeur: American Physical Society
DOI: 10.48550/ARXIV.2510.24536

Fine-tuning mechanical constraints reveals uncoupled patterning and gene expression programs in murine gastruloids

Auteurs: Judith Pineau, Jerome Wong-Ng, Alexandre Mayran, Lucille Lopez-Delisle, Pierre Osteil, Armin Shoushtarizadeh, Denis Duboule, Samy Gobaa, Thomas Gregor
Publié dans: Development, Numéro 152, 2025, ISSN 0950-1991
Éditeur: The Company of Biologists
DOI: 10.1101/2025.01.28.635012

Current Opinion in Genetics and Development

Auteurs: Andrés H Cardona; Márcia M Peixoto; Tohn Borjigin; Thomas Gregor
Publié dans: Current Opinion in Genetics & Development, 2025, ISSN 0959-437X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.48550/ARXIV.2501.16799

Precise and scalable self-organization in mammalian pseudo-embryos

Auteurs: Mélody Merle, Leah Friedman, Corinne Chureau, Armin Shoushtarizadeh, Thomas Gregor
Publié dans: Nature Structural & Molecular Biology, Numéro 31, 2024, ISSN 1545-9993
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41594-024-01251-4

Chromatin enables precise and scalable gene regulation with factors of limited specificity

Auteurs: Mindy Liu Perkins; Justin Crocker; Gašper Tkačik
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, 2024, ISSN 1091-6490
Éditeur: PNAS
DOI: 10.1101/2024.06.13.598840

Current Opinion in Genetics and Development

Auteurs: Isma Bennabi; Pauline Hansen; Melody Merle; Judith Pineau; Lucille Lopez-Delisle; Dominique Kolly; Denis Duboule; Alexandre Mayran; Thomas Gregor
Publié dans: Science Advances, 2025, ISSN 0959-437X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1101/2024.12.23.630037

Deriving a genetic regulatory network from an optimization principle

Auteurs: Thomas R. Sokolowski; Thomas Gregor; William Bialek; Gašper Tkačik
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, 2025, ISSN 1091-6490
Éditeur: PNAS
DOI: 10.48550/ARXIV.2302.05680

Information Processing in Biochemical Networks

Auteurs: Gašper Tkačik, Pieter Rein ten Wolde
Publié dans: Annual Review of Biophysics, Numéro 54, 2025, ISSN 1936-122X
Éditeur: Annual Reviews
DOI: 10.1146/ANNUREV-BIOPHYS-060524-102720