Description du projet
Révéler les protéines cachées en spectrométrie de masse
La protéomique, l’étude des protéines par spectrométrie de masse, apporte de précieux renseignements sur les fonctions cellulaires. De nombreuses formes de protéines ne sont toutefois pas détectées en raison de leur complexité, ce qui limite notre compréhension des maladies et des traitements potentiels. Les modèles d’apprentissage automatique actuels pour la protéomique échouent souvent à analyser complètement les spectres de masse et ne sont pas facilement interprétables. Ce manque de transparence freine leur application en milieu clinique. Le projet explainProt, financé par le CER, entend résoudre ce problème en développant des modèles d’apprentissage automatique clairs et de bout en bout pour analyser des données protéomiques complexes. En combinant de nouvelles techniques de séquençage et des dispositifs à nanopores, le projet révélera des protéines et des variantes structurelles cachées, ce qui fera progresser la recherche en détection des maladies et en découverte microbienne.
Objectif
Mass spectrometry driven proteomics allows deep insights into the working of cells. Still, the vast majority of proteoforms, representing the full heterogeneity of molecular forms of protein products in a sample, currently remain undetected in proteomics experiments. This lack of information strongly restricts our knowledge of disease progression, possible biomarkers, and therapeutic targets across a large number of diseases. Several machine learning approaches have been developed for proteomics data, but not being trained end-to-end, they cannot capture the full wealth of proteomic mass spectra and commonly remain unexplained black boxes. Within explAInProt, my team and I will develop representations of spectra that allow deploying explainable, end-to-end machine learning models on the wealth of proteomic data available, regarding both bottom-up and topdown spectra to identify novel protein variants. Explanations will allow identifying the origin of predictions and allow reducing bias and building up the trustworthiness of AI systems required for clinical applications. To verify results, we will pioneer orthogonal real-time strategies based on selective sequencing approaches and calling of amino acids that we will introduce for nanopore sequencing devices as a complementary acquisition method. All combined, this will allow to drastically increase our knowledge about the current dark matter of mass spectrometry driven proteomics: those proteins and peptides that are non-canonically modified, non-tryptic, have potentially multiple amino acid substation, or no close match in databases or result from structural variants such as fusion proteins that they remain undetected in current analyses. We will highlight applicability in two areas of particular concern in current approaches: the detection of structural variants in proteomic mass spectra and the characterization of novel microbial organisms without sufficient database information.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines protéomique
- sciences naturelles informatique et science de l'information bases de données
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2023-COG
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
14482 Potsdam
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.