Description du projet
Prédire la résistance aux médicaments dans le cancer au niveau cellulaire
Le cancer est un trouble hétérogène clonal qui commence par une seule cellule mutée qui prolifère et crée une population de cellules avec des variations génétiques. Cette expansion clonale mène à un éventail diversifié de populations sous-clonales au sein de la tumeur, chacune présentant des mutations et des caractéristiques distinctes. Cette situation contribue non seulement à la complexité de la maladie, mais pose également des défis majeurs en matière de traitement. L’identification des mutations rares associées à la résistance aux médicaments et leur corrélation avec les niveaux d’expression de l’ARN sont essentielles pour un diagnostic et un traitement efficaces du cancer. Le projet MultiCloneSeq, financé par le CER, vise à développer un nouvel outil multi-omique pour analyser des cellules individuelles de manière rentable. Cet outil surmonte les limites techniques des solutions existantes et promet un profilage multi-omique complet à haute résolution.
Objectif
Cancer led to one in six death worlds wildly. By nature, cancer is characterized by abnormal and uncontrolled cellular growth caused primarily by genetic mutations. Despite of the high cellular heterogeneity, only a small number of somatic mutations shown to be directly associated with tumorigenesis, hence driving cancer growth. The first hurdle in the cancer diagnosis is to identify these rare populations that have the potential to develop drug resistance. A second hurdle is to be able to associate mutations in the genetic level to the RNA expression level, which will improve the chance of pinpointing a specific mutation with the relevant activity. Therefore, it is of crucial importance to develop a single-cell multi-omics sequencing tool to simultaneously study the heterogeneity of expression and DNA-based regulation of cancer-associated genes. Recently, several multi-omics tools have emerged that allow for the interrogation of both gene expression and open chromatin regions. However, there are some notable limitations constrain the capability and applicability of these tools: 1) The expensive and disposable apparatuses and reagents of these methods is extremely expensive, and thus limits their extensive application and potential as a diagnosis tool; 2) The transcriptome derived from all these technologies only captures the 3 ' RNA termini of polyadenylated transcripts. It excludes the capture of non-polyadenylated transcripts which plays a vital role in cancer development, and the interrogation of somatic mutation from full length RNA. (3) The low input of single-cell material leads to the sparse data. To overcome these hurdles, our novel technology is based on three methods that we have developed leveraging the power of microfluidics: 1. single-clone sequencing, 2.Full-length RNA, and 3. A cost efffective open chromatin extraction method. MultiCloneSeq will be the first method providing low-cost and full-scale multiomic profiling with high resolution.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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- sciences naturellessciences physiquesmécanique classiquemécanique des fluidesmicrofluidics
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- sciences médicales et de la santémédecine cliniqueoncologie
- sciences naturellessciences biologiquesgénétiqueARN
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Programme(s)
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