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Single-Clone Multi-omics Sequencing for Cancer Diagnosis

Descrizione del progetto

Prevedere a livello cellulare la resistenza ai farmaci nel cancro

Il cancro è un eterogeneo disturbo clonale la cui origine avviene a partire da una singola cellula mutata che prolifera, creando una popolazione di cellule caratterizzate da variazioni genetiche. Questa espansione clonale determina la presenza di una serie di popolazioni subclonali all’interno del tumore, ciascuna dotata di mutazioni e caratteristiche distinte, il che non solo contribuisce alla complessità della malattia, ma presenta anche importanti sfide a livello di trattamento. L’identificazione di mutazioni rare associate alla resistenza ai farmaci e della loro correlazione con i livelli di espressione dell’RNA è fondamentale per garantire una diagnosi e un trattamento efficaci del cancro. Il progetto MultiCloneSeq, finanziato dal CER, si prefigge di sviluppare un nuovo strumento multiomico per effettuare un’analisi economica di singole cellule che superi le limitazioni tecniche delle soluzioni esistenti, promettendo di fornire una completa profilazione multiomica ad alta risoluzione.

Obiettivo

Cancer led to one in six death worlds wildly. By nature, cancer is characterized by abnormal and uncontrolled cellular growth caused primarily by genetic mutations. Despite of the high cellular heterogeneity, only a small number of somatic mutations shown to be directly associated with tumorigenesis, hence driving cancer growth. The first hurdle in the cancer diagnosis is to identify these rare populations that have the potential to develop drug resistance. A second hurdle is to be able to associate mutations in the genetic level to the RNA expression level, which will improve the chance of pinpointing a specific mutation with the relevant activity. Therefore, it is of crucial importance to develop a single-cell multi-omics sequencing tool to simultaneously study the heterogeneity of expression and DNA-based regulation of cancer-associated genes. Recently, several multi-omics tools have emerged that allow for the interrogation of both gene expression and open chromatin regions. However, there are some notable limitations constrain the capability and applicability of these tools: 1) The expensive and disposable apparatuses and reagents of these methods is extremely expensive, and thus limits their extensive application and potential as a diagnosis tool; 2) The transcriptome derived from all these technologies only captures the 3 ' RNA termini of polyadenylated transcripts. It excludes the capture of non-polyadenylated transcripts which plays a vital role in cancer development, and the interrogation of somatic mutation from full length RNA. (3) The low input of single-cell material leads to the sparse data. To overcome these hurdles, our novel technology is based on three methods that we have developed leveraging the power of microfluidics: 1. single-clone sequencing, 2.Full-length RNA, and 3. A cost efffective open chromatin extraction method. MultiCloneSeq will be the first method providing low-cost and full-scale multiomic profiling with high resolution.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

Programma(i)

Argomento(i)

Meccanismo di finanziamento

HORIZON-ERC-POC - HORIZON ERC Proof of Concept Grants

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Invito a presentare proposte

(si apre in una nuova finestra) ERC-2023-POC

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Istituzione ospitante

THE HEBREW UNIVERSITY OF JERUSALEM
Contributo netto dell'UE
€ 150 000,00
Indirizzo
EDMOND J SAFRA CAMPUS GIVAT RAM
91904 Jerusalem
Israele
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale
Nessun dato

Beneficiari (1)